LOTUS Wikidata Explorer

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.4%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22%2C%20app_title%3D%22LOTUS%20Wikidata%20Explorer%22)%0A%0Awith%20app.setup%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20polars%20as%20pl%0A%20%20%20%20import%20httpx%20%20%23%20Used%20by%20sparqlx%2C%20imported%20for%20exception%20handling%0A%20%20%20%20import%20json%0A%20%20%20%20import%20re%0A%20%20%20%20import%20time%0A%20%20%20%20import%20gzip%0A%20%20%20%20import%20hashlib%0A%20%20%20%20from%20dataclasses%20import%20dataclass%2C%20field%0A%20%20%20%20from%20datetime%20import%20datetime%0A%20%20%20%20from%20functools%20import%20lru_cache%0A%20%20%20%20from%20rdflib%20import%20Graph%2C%20Namespace%2C%20Literal%2C%20URIRef%2C%20BNode%0A%20%20%20%20from%20rdflib.namespace%20import%20RDF%2C%20RDFS%2C%20XSD%2C%20DCTERMS%0A%20%20%20%20from%20sparqlx%20import%20SPARQLWrapper%0A%20%20%20%20from%20typing%20import%20Optional%2C%20Dict%2C%20Any%2C%20Tuple%2C%20List%0A%20%20%20%20from%20urllib.parse%20import%20quote%20as%20url_quote%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20MARIMO%20RELATED%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Set%20output%20max%20bytes%20safely%20(deployment%20environments%20may%20have%20limits)%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo._runtime.context.get_context().marimo_config%5B%22runtime%22%5D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22output_max_bytes%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%20%3D%201_000_000_000%20%20%23%201GB%20for%20large%20datasets%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Silently%20fail%20if%20runtime%20config%20cannot%20be%20set%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20CENTRALIZED%20RDF%20NAMESPACES%20AND%20URLS%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Namespaces%20(used%20throughout%20for%20RDF%20export)%0A%20%20%20%20WD%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fentity%2F%22)%0A%20%20%20%20WDREF%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Freference%2F%22)%0A%20%20%20%20WDS%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fentity%2Fstatement%2F%22)%0A%20%20%20%20WDT%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fdirect%2F%22)%0A%20%20%20%20P%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2F%22)%0A%20%20%20%20PS%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fstatement%2F%22)%0A%20%20%20%20PR%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Freference%2F%22)%0A%20%20%20%20PROV%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fwww.w3.org%2Fns%2Fprov%23%22)%0A%20%20%20%20SCHEMA%20%3D%20Namespace(%22http%3A%2F%2Fschema.org%2F%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20URLs%20(constants)%0A%20%20%20%20SCHOLIA_URL%20%3D%20%22https%3A%2F%2Fscholia.toolforge.org%2F%22%0A%20%20%20%20WIKIDATA_URL%20%3D%20%22https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2F%22%0A%20%20%20%20WIKIDATA_HTTP_URL%20%3D%20WIKIDATA_URL.replace(%22https%3A%2F%2F%22%2C%20%22http%3A%2F%2F%22)%0A%20%20%20%20WIKIDATA_ENTITY_URL%20%3D%20WIKIDATA_HTTP_URL%20%2B%20%22entity%2F%22%0A%20%20%20%20WIKIDATA_WIKI_URL%20%3D%20WIKIDATA_URL%20%2B%20%22wiki%2F%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20APPLICATION%20CONFIGURATION%0A%20%20%20%20%23%20All%20magic%20numbers%20centralized%20here%20for%20easy%20maintenance.%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20CONFIG%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Application%20Metadata%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22app_version%22%3A%20%220.0.1%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22app_name%22%3A%20%22LOTUS%20Wikidata%20Explorer%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22app_url%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fgithub.com%2FAdafede%2Fmarimo%2Fblob%2Fmain%2Fapps%2Flotus_wikidata_explorer.py%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20External%20Services%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22cdk_base%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fwww.simolecule.com%2Fcdkdepict%2Fdepict%2Fcot%2Fsvg%22%2C%20%20%23%20CDK%20Depict%20for%20structure%20images%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sparql_endpoint%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fqlever.dev%2Fapi%2Fwikidata%22%2C%20%20%23%20QLever%3A%20Optimized%20Wikidata%20SPARQL%20endpoint%20(faster%20than%20official)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Alternative%20endpoint%20(legacy%2C%20slower%20but%20more%20stable)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%22sparql_endpoint%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fquery-legacy-full.wikidata.org%2Fsparql%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22idsm_endpoint%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fidsm.elixir-czech.cz%2Fsparql%2Fendpoint%2F%22%2C%20%20%23%20SACHEM%20chemical%20search%20service%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Network%20%26%20Performance%20Tuning%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22max_retries%22%3A%203%2C%20%20%23%20Max%20retry%20attempts%20for%20failed%20SPARQL%20requests%20(prevents%20transient%20failures)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22retry_backoff%22%3A%202%2C%20%20%23%20Exponential%20backoff%20multiplier%20(wait%20time%20%3D%20backoff%5Eattempt%20seconds)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22query_timeout%22%3A%20300%2C%20%20%23%20SPARQL%20query%20timeout%20in%20seconds%20(5%20minutes%20-%20some%20queries%20are%20complex)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22table_row_limit%22%3A%2010000%2C%20%20%23%20Max%20rows%20to%20display%20in%20browser%20table%20(prevents%20UI%20slowdown%20with%20large%20datasets)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22lazy_generation_threshold%22%3A%205000%2C%20%20%23%20Defer%20download%20generation%20for%20datasets%20%3E%20this%20size%20(improves%20UX)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22download_embed_threshold_bytes%22%3A%208_000_000%2C%20%20%23%20Auto-compress%20downloads%20%3E%208MB%20(reduces%20bandwidth)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20UI%20Styling%20%26%20Display%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_hyperlink%22%3A%20%22%233377c4%22%2C%20%20%23%20Hyperlink%20color%20(WCAG%20AA%20compliant%20blue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_wikidata_blue%22%3A%20%22%23006699%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_wikidata_green%22%3A%20%22%23339966%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22color_wikidata_red%22%3A%20%22%23990000%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22page_size_default%22%3A%2010%2C%20%20%23%20Rows%20per%20page%20in%20display%20table%20(balances%20usability%20and%20performance)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22page_size_export%22%3A%2025%2C%20%20%23%20Rows%20per%20page%20in%20export%20preview%20table%20(larger%20for%20review)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Filter%20Defaults%20(Scientific%20domain%20knowledge)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22year_range_start%22%3A%201700%2C%20%20%23%20Minimum%20valid%20publication%20year%20(pre-Linnaean%20taxonomy%20excluded)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22year_default_start%22%3A%201900%2C%20%20%23%20Default%20year%20filter%20start%20(modern%20natural%20products%20research%20era)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_default_min%22%3A%200%2C%20%20%23%20Default%20minimum%20mass%20in%20Daltons%20(no%20restriction)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_default_max%22%3A%202000%2C%20%20%23%20Default%20maximum%20mass%20in%20Daltons%20(typical%20natural%20product%20range)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_ui_max%22%3A%2010000%2C%20%20%23%20Maximum%20allowed%20mass%20in%20UI%20(prevents%20unrealistic%20values)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Element%20Count%20Limits%20(for%20molecular%20formula%20filter%20UI)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Based%20on%20natural%20product%20chemistry%20-%20typical%20ranges%20for%20drug-like%20molecules%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_c_max%22%3A%20100%2C%20%20%23%20Max%20carbon%20atoms%20(most%20natural%20products%20%3C%20100)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_h_max%22%3A%20200%2C%20%20%23%20Max%20hydrogen%20atoms%20(roughly%202%C3%97%20carbon)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_n_max%22%3A%2050%2C%20%20%23%20Max%20nitrogen%20atoms%20(alkaloids%20rarely%20exceed%20this)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_o_max%22%3A%2050%2C%20%20%23%20Max%20oxygen%20atoms%20(polyketides%2Fcarbohydrates)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_p_max%22%3A%2020%2C%20%20%23%20Max%20phosphorus%20atoms%20(nucleotides)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22element_s_max%22%3A%2020%2C%20%20%23%20Max%20sulfur%20atoms%20(sulfated%20metabolites)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Chemical%20Search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22default_similarity_threshold%22%3A%200.8%2C%20%20%23%20Default%20Tanimoto%20coefficient%20(0.8%20%3D%20good%20balance%20of%20recall%2Fprecision)%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20ELEMENT%20CONFIGURATION%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Element%20definitions%20for%20formula%20filters%20(avoid%20hardcoding%20element%20lists)%0A%20%20%20%20ELEMENT_CONFIGS%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22C%22%2C%20%22carbon%22%2C%20%22element_c_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22H%22%2C%20%22hydrogen%22%2C%20%22element_h_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22N%22%2C%20%22nitrogen%22%2C%20%22element_n_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22O%22%2C%20%22oxygen%22%2C%20%22element_o_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22P%22%2C%20%22phosphorus%22%2C%20%22element_p_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22S%22%2C%20%22sulfur%22%2C%20%22element_s_max%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20HALOGEN_CONFIGS%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22F%22%2C%20%22fluorine%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22Cl%22%2C%20%22chlorine%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22Br%22%2C%20%22bromine%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22I%22%2C%20%22iodine%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20EXPORT%20CONFIGURATION%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Export%20format%20configurations%0A%20%20%20%20EXPORT_FORMATS%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22csv%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22extension%22%3A%20%22csv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mimetype%22%3A%20%22text%2Fcsv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22label%22%3A%20%22%F0%9F%93%A5%20CSV%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22icon%22%3A%20%22%F0%9F%93%84%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22generator%22%3A%20lambda%20df%3A%20df.write_csv()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22json%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22extension%22%3A%20%22json%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mimetype%22%3A%20%22application%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22label%22%3A%20%22%F0%9F%93%A5%20JSON%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22icon%22%3A%20%22%F0%9F%93%96%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22generator%22%3A%20lambda%20df%3A%20df.write_json()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ttl%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22extension%22%3A%20%22ttl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mimetype%22%3A%20%22text%2Fturtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22label%22%3A%20%22%F0%9F%93%A5%20RDF%2FTurtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22icon%22%3A%20%22%F0%9F%90%A2%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22generator%22%3A%20None%2C%20%20%23%20Needs%20special%20handling%20(extra%20params)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20SPARQL%20QUERY%20FRAGMENTS%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20SPARQL%20prefixes%0A%20%20%20%20SPARQL_PREFIXES%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20PREFIX%20p%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20pr%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Freference%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20prov%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2Fns%2Fprov%23%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20ps%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fstatement%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20schema%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fschema.org%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20wd%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fentity%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20wdt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fdirect%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20wikibase%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwikiba.se%2Fontology%23%3E%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20SACHEM_PREFIXES%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20PREFIX%20sachem%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fbioinfo.uochb.cas.cz%2Frdf%2Fv1.0%2Fsachem%23%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20idsm%3A%20%3Chttps%3A%2F%2Fidsm.elixir-czech.cz%2Fsparql%2Fendpoint%2F%3E%0A%20%20%20%20PREFIX%20xsd%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2001%2FXMLSchema%23%3E%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20SELECT%20clause%20for%20compound%20queries%0A%20%20%20%20COMPOUND_SELECT_VARS%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Fcompound%20%3FcompoundLabel%20%3Fcompound_inchikey%20%3Fcompound_smiles_conn%0A%20%20%20%20%3Fcompound_smiles_iso%20%3Fcompound_mass%20%3Fcompound_formula%0A%20%20%20%20%3Ftaxon_name%20%3Ftaxon%0A%20%20%20%20%3Fref_qid%20%3Fref_title%20%3Fref_doi%20%3Fref_date%0A%20%20%20%20%3Fstatement%20%3Fref%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20COMPOUND_MINIMAL_VARS%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Fcompound%20%3FcompoundLabel%20%3Fcompound_inchikey%20%3Fcompound_smiles_conn%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20COMPOUND_INTERIM_VARS%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20COMPOUND_MINIMAL_VARS%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Ftaxon%20%3Ftaxon_name%20%3Fref_qid%20%3Fstatement%20%3Fref%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20compound%20identifier%20retrieval%20(used%20in%20subqueries)%0A%20%20%20%20COMPOUND_IDENTIFIERS%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Fcompound%20wdt%3AP235%20%3Fcompound_inchikey%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wdt%3AP233%20%3Fcompound_smiles_conn.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20taxon-reference%20association%20pattern%20(used%20in%20subqueries)%0A%20%20%20%20TAXON_REFERENCE_ASSOCIATION%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Fcompound%20p%3AP703%20%3Fstatement.%0A%20%20%20%20%3Fstatement%20ps%3AP703%20%3Ftaxon%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prov%3AwasDerivedFrom%20%3Fref.%0A%20%20%20%20%3Fref%20pr%3AP248%20%3Fref_qid.%0A%20%20%20%20%3Ftaxon%20wdt%3AP225%20%3Ftaxon_name.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20compound%20property%20optionals%0A%20%20%20%20COMPOUND_PROPERTIES_OPTIONAL%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fcompound%20wdt%3AP2017%20%3Fcompound_smiles_iso.%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fcompound%20wdt%3AP2067%20%3Fcompound_mass.%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fcompound%20wdt%3AP274%20%3Fcompound_formula.%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20rdfs%3Alabel%20%3FcompoundLabel.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FcompoundLabel)%20%3D%20%22en%22)%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20rdfs%3Alabel%20%3FcompoundLabel.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FcompoundLabel)%20%3D%20%22mul%22)%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20taxonomic%20and%20reference%20optionals%0A%20%20%20%20TAXONOMIC_REFERENCE_OPTIONAL%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fstatement%20ps%3AP703%20%3Ftaxon%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prov%3AwasDerivedFrom%20%3Fref.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fref%20pr%3AP248%20%3Fref_qid.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20p%3AP703%20%3Fstatement.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20wdt%3AP225%20%3Ftaxon_name.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP1476%20%3Fref_title.%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP356%20%3Fref_doi.%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP577%20%3Fref_date.%20%7D%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Common%20reference%20metadata%20retrieval%20(after%20subquery)%0A%20%20%20%20REFERENCE_METADATA_OPTIONAL%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP1476%20%3Fref_title.%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP356%20%3Fref_doi.%20%7D%0A%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%20%3Fref_qid%20wdt%3AP577%20%3Fref_date.%20%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Subscript%20translation%20map%20(constant%20for%20performance)%0A%20%20%20%20SUBSCRIPT_MAP%20%3D%20str.maketrans(%22%E2%82%80%E2%82%81%E2%82%82%E2%82%83%E2%82%84%E2%82%85%E2%82%86%E2%82%87%E2%82%88%E2%82%89%22%2C%20%220123456789%22)%0A%20%20%20%20%23%20Regex%20pattern%20for%20molecular%20formula%20parsing%20(compiled%20once)%0A%20%20%20%20FORMULA_PATTERN%20%3D%20re.compile(r%22(%5BA-Z%5D%5Ba-z%5D%3F)(%5Cd*)%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Pluralization%20map%20(constant)%0A%20%20%20%20PLURAL_MAP%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Entry%22%3A%20%22Entries%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22entry%22%3A%20%22entries%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Taxon%22%3A%20%22Taxa%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon%22%3A%20%22taxa%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20SPARQL%20WRAPPER%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Global%20SPARQL%20wrapper%20for%20connection%20reuse%20(significant%20performance%20improvement)%0A%20%20%20%20SPARQL_WRAPPER%20%3D%20SPARQLWrapper(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sparql_endpoint%3DCONFIG%5B%22sparql_endpoint%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20client_config%3D%7B%22timeout%22%3A%20CONFIG%5B%22query_timeout%22%5D%7D%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20DATA%20CLASSES%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20%40dataclass(frozen%3DTrue)%0A%20%20%20%20class%20ElementRange%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Range%20for%20element%20count%20in%20molecular%20formula.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_val%3A%20Optional%5Bint%5D%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_val%3A%20Optional%5Bint%5D%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20is_active(self)%20-%3E%20bool%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Check%20if%20range%20filter%20is%20active.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20self.min_val%20is%20not%20None%20or%20self.max_val%20is%20not%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20matches(self%2C%20count%3A%20int)%20-%3E%20bool%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Check%20if%20count%20is%20within%20range.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20self.is_active()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20self.min_val%20is%20not%20None%20and%20count%20%3C%20self.min_val%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20self.max_val%20is%20not%20None%20and%20count%20%3E%20self.max_val%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%0A%20%20%20%20%40dataclass(frozen%3DTrue)%0A%20%20%20%20class%20FormulaFilters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Molecular%20formula%20filtering%20criteria.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20h%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20o%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%3A%20ElementRange%20%3D%20field(default_factory%3DElementRange)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%3A%20str%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%3A%20str%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%3A%20str%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%3A%20str%20%3D%20%22allowed%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20is_active(self)%20-%3E%20bool%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Check%20if%20any%20filter%20is%20active.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20self.exact_formula%20and%20self.exact_formula.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20any(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20r.is_active()%20for%20r%20in%20%5Bself.c%2C%20self.h%2C%20self.n%2C%20self.o%2C%20self.p%2C%20self.s%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20any(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s%20!%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20s%20in%20%5Bself.f_state%2C%20self.cl_state%2C%20self.br_state%2C%20self.i_state%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20validate_smiles(smiles%3A%20str)%20-%3E%20Tuple%5Bbool%2C%20Optional%5Bstr%5D%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Validate%20SMILES%20string%20for%20common%20issues.%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Empty%20is%20valid%20(means%20no%20SMILES%20search)%0A%20%20%20%20if%20not%20smiles%20or%20not%20smiles.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20smiles%20%3D%20smiles.strip()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Length%20validation%0A%20%20%20%20if%20len(smiles)%20%3C%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%2C%20%22SMILES%20string%20is%20empty%20after%20trimming%20whitespace%22%0A%20%20%20%20if%20len(smiles)%20%3E%2010000%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%2C%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22SMILES%20string%20is%20too%20long%20(%7Blen(smiles)%3A%2C%7D%20characters).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Maximum%20allowed%3A%2010%2C000%20characters.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Please%20use%20a%20simpler%20structure%20or%20substructure.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Check%20for%20null%20bytes%20or%20dangerous%20control%20characters%0A%20%20%20%20if%20%22%5Cx00%22%20in%20smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%2C%20%22SMILES%20contains%20null%20bytes%20(%5C%5Cx00)%20which%20are%20not%20allowed%22%0A%0A%20%20%20%20invalid_chars%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20smiles%20if%20ord(c)%20%3C%2032%20and%20c%20not%20in%20%22%5Ct%5Cn%5Cr%22%5D%0A%20%20%20%20if%20invalid_chars%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chars_display%20%3D%20%22%2C%20%22.join(f%22%5C%5Cx%7Bord(c)%3A02x%7D%22%20for%20c%20in%20invalid_chars%5B%3A3%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%2C%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22SMILES%20contains%20invalid%20control%20characters%3A%20%7Bchars_display%7D.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Only%20standard%20ASCII%20printable%20characters%20are%20allowed.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Basic%20sanity%20check%3A%20should%20contain%20at%20least%20one%20atom%20symbol%0A%20%20%20%20%23%20Common%20atom%20symbols%20in%20SMILES%3A%20C%2C%20N%2C%20O%2C%20S%2C%20P%2C%20F%2C%20Cl%2C%20Br%2C%20I%2C%20B%2C%20c%20(aromatic)%2C%20etc.%0A%20%20%20%20if%20not%20any(c%20in%20smiles%20for%20c%20in%20%22CNOSPFIBcnops%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%2C%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22SMILES%20appears%20to%20be%20missing%20atom%20symbols.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22A%20valid%20SMILES%20must%20contain%20at%20least%20one%20element%20(C%2C%20N%2C%20O%2C%20etc.).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Example%3A%20'c1ccccc1'%20for%20benzene%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20True%2C%20None%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20escape_smiles_for_sparql(smiles%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20Escape%20SMILES%20string%20for%20safe%20use%20in%20SPARQL%20queries.%0A%0A%20%20%20%20SMILES%20strings%20can%20contain%20backslashes%20(e.g.%2C%20%2FC%3DC%5C3%2F)%20which%20are%20escape%0A%20%20%20%20characters%20in%20SPARQL%20string%20literals%20and%20must%20be%20escaped.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20smiles%0A%0A%20%20%20%20%23%20Validate%20SMILES%0A%20%20%20%20is_valid%2C%20error_msg%20%3D%20validate_smiles(smiles)%0A%20%20%20%20if%20not%20is_valid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22Invalid%20SMILES%3A%20%7Berror_msg%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Escape%20backslashes%20by%20doubling%20them%0A%20%20%20%20return%20smiles.replace(%22%5C%5C%22%2C%20%22%5C%5C%5C%5C%22)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_taxon_search_query(taxon_name%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20to%20find%20taxa%20by%20scientific%20name.%20Returns%20up%20to%2010%20results.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20PREFIX%20wdt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fprop%2Fdirect%2F%3E%0A%20%20%20%20SELECT%20%3Ftaxon%20%3Ftaxon_name%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20VALUES%20%3Ftaxon_name%20%7B%7B%20%22%7Btaxon_name%7D%22%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20wdt%3AP225%20%3Ftaxon_name%20.%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_base_sachem_query(%0A%20%20%20%20smiles%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20search_type%3A%20str%20%3D%20%22substructure%22%2C%0A%20%20%20%20threshold%3A%20float%20%3D%200.8%2C%0A%20%20%20%20include_taxon_filter%3A%20bool%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20taxon_qid%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20base%20SACHEM%20chemical%20search%20query.%22%22%22%0A%20%20%20%20escaped_smiles%20%3D%20escape_smiles_for_sparql(smiles)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20SACHEM%20service%20clause%20based%20on%20search%20type%0A%20%20%20%20if%20search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sachem_clause%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SERVICE%20idsm%3Awikidata%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20VALUES%20%3FQUERY_SMILES%20%7B%7B%20%22%7Bescaped_smiles%7D%22%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20VALUES%20%3FCUTOFF%20%7B%7B%20%22%7Bthreshold%7D%22%5E%5Exsd%3Adouble%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20sachem%3AsimilarCompoundSearch%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sachem%3Aquery%20%3FQUERY_SMILES%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sachem%3Acutoff%20%3FCUTOFF%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20substructure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sachem_clause%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SERVICE%20idsm%3Awikidata%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20VALUES%20%3FSUBSTRUCTURE%20%7B%7B%20%22%7Bescaped_smiles%7D%22%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20sachem%3AsubstructureSearch%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sachem%3Aquery%20%3FSUBSTRUCTURE%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20taxon%20filter%20if%20requested%0A%20%20%20%20taxon_filter%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20if%20include_taxon_filter%20and%20taxon_qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_filter%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTAXON_REFERENCE_ASSOCIATION%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20(wdt%3AP171*)%20wd%3A%7Btaxon_qid%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BREFERENCE_METADATA_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_filter%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTAXONOMIC_REFERENCE_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Construct%20full%20query%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7BSPARQL_PREFIXES%7D%7BSACHEM_PREFIXES%7D%0A%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_SELECT_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_MINIMAL_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bsachem_clause%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_IDENTIFIERS%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Btaxon_filter%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_PROPERTIES_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_smiles_substructure_query(smiles%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20for%20chemical%20substructure%20search%20using%20SACHEM.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20build_base_sachem_query(smiles%2C%20search_type%3D%22substructure%22)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_smiles_similarity_query(smiles%3A%20str%2C%20threshold%3A%20float%20%3D%200.8)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20for%20chemical%20similarity%20search%20using%20SACHEM.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20build_base_sachem_query(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%2C%20search_type%3D%22similarity%22%2C%20threshold%3Dthreshold%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_smiles_taxon_query(%0A%20%20%20%20smiles%3A%20str%2C%20qid%3A%20str%2C%20search_type%3A%20str%20%3D%20%22substructure%22%2C%20threshold%3A%20float%20%3D%200.8%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20to%20find%20compounds%20by%20SMILES%20within%20a%20specific%20taxon.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20build_base_sachem_query(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20search_type%3Dsearch_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20threshold%3Dthreshold%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_taxon_filter%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_qid%3Dqid%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_compounds_query(qid%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20to%20find%20compounds%20in%20a%20specific%20taxon%20and%20its%20descendants.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7BSPARQL_PREFIXES%7D%0A%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_SELECT_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_INTERIM_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_IDENTIFIERS%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTAXON_REFERENCE_ASSOCIATION%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20(wdt%3AP171*)%20wd%3A%7Bqid%7D.%0A%20%20%20%20%20%20%7BREFERENCE_METADATA_OPTIONAL%7D%20%20%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_PROPERTIES_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_all_compounds_query()%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20SPARQL%20query%20to%20retrieve%20all%20compounds.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7BSPARQL_PREFIXES%7D%0A%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_SELECT_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20%7BCOMPOUND_INTERIM_VARS%7D%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_IDENTIFIERS%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7BTAXON_REFERENCE_ASSOCIATION%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7BREFERENCE_METADATA_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7BCOMPOUND_PROPERTIES_OPTIONAL%7D%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0A%40lru_cache(maxsize%3D128)%0Adef%20execute_sparql(%0A%20%20%20%20query%3A%20str%2C%20max_retries%3A%20int%20%3D%20CONFIG%5B%22max_retries%22%5D%0A)%20-%3E%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Execute%20SPARQL%20query%20using%20sparqlx%20with%20comprehensive%20error%20handling.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20query%20or%20not%20query.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%22SPARQL%20query%20cannot%20be%20empty%22)%0A%0A%20%20%20%20for%20attempt%20in%20range(max_retries)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20sparqlx%20handles%20the%20POST%20request%20with%20proper%20headers%20automatically%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20response%20%3D%20SPARQL_WRAPPER.query(query%2C%20response_format%3D%22json%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Validate%20response%20structure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20result%20%3D%20response.json()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20isinstance(result%2C%20dict)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20SPARQL%20response%3A%20expected%20dict%2C%20got%20%7Btype(result).__name__%7D.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22The%20endpoint%20may%20be%20experiencing%20issues.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Ensure%20required%20structure%20exists%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22results%22%20not%20in%20result%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22SPARQL%20response%20missing%20'results'%20field.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22The%20endpoint%20returned%20an%20unexpected%20format.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20result%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20httpx.TimeoutException%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20timeout%20exceptions%20specifically%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attempt%20%3D%3D%20max_retries%20-%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20TimeoutError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%8F%B1%EF%B8%8F%20Query%20timed%20out%20after%20%7Bmax_retries%7D%20attempts%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(%7BCONFIG%5B'query_timeout'%5D%7Ds%20timeout%20each).%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%92%A1%20Suggestions%3A%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Add%20filters%20to%20reduce%20result%20size%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Simplify%20the%20query%20(e.g.%2C%20search%20specific%20taxon%20instead%20of%20'*')%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Try%20searching%20by%20specific%20QID%20instead%20of%20taxon%20name%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20The%20endpoint%20may%20be%20under%20heavy%20load%20-%20try%20again%20later%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wait_time%20%3D%20CONFIG%5B%22retry_backoff%22%5D%20*%20(2**attempt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20time.sleep(wait_time)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20httpx.HTTPStatusError%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20HTTP%20status%20errors%20(4xx%2C%205xx)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20status_code%20%3D%20e.response.status_code%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attempt%20%3D%3D%20max_retries%20-%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_body%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20e.response.text%5B%3A500%5D%20if%20e.response.text%20else%20%22No%20error%20details%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ConnectionError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%8C%90%20HTTP%20%7Bstatus_code%7D%20error%20after%20%7Bmax_retries%7D%20attempts%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Error%20details%3A%20%7Berror_body%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%92%A1%20Suggestions%3A%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Check%20your%20internet%20connection%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20The%20SPARQL%20endpoint%20may%20be%20temporarily%20unavailable%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Try%20again%20in%20a%20few%20minutes%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Retry%20on%20server%20errors%20(5xx)%2C%20but%20not%20client%20errors%20(4xx)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20500%20%3C%3D%20status_code%20%3C%20600%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wait_time%20%3D%20CONFIG%5B%22retry_backoff%22%5D%20*%20(2**attempt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20time.sleep(wait_time)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20%20%23%20Don't%20retry%20client%20errors%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20(httpx.NetworkError%2C%20httpx.ConnectError)%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20network%2Fconnection%20errors%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attempt%20%3D%3D%20max_retries%20-%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ConnectionError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%8C%90%20Network%20error%20after%20%7Bmax_retries%7D%20attempts%3A%20%7Btype(e).__name__%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Details%3A%20%7Bstr(e)%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%92%A1%20Suggestions%3A%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Check%20your%20internet%20connection%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Verify%20you%20can%20access%20%7BCONFIG%5B'sparql_endpoint'%5D%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%20%20%20%E2%80%A2%20Check%20for%20firewall%20or%20proxy%20issues%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wait_time%20%3D%20CONFIG%5B%22retry_backoff%22%5D%20*%20(2**attempt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20time.sleep(wait_time)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20json.JSONDecodeError%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20malformed%20JSON%20responses%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attempt%20%3D%3D%20max_retries%20-%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%9D%8C%20Invalid%20JSON%20response%20from%20SPARQL%20endpoint%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Parse%20error%3A%20%7Bstr(e)%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%92%A1%20The%20endpoint%20may%20be%20experiencing%20issues.%20Try%20again%20later.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wait_time%20%3D%20CONFIG%5B%22retry_backoff%22%5D%20*%20(2**attempt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20time.sleep(wait_time)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20any%20other%20unexpected%20errors%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20attempt%20%3D%3D%20max_retries%20-%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20query_snippet%20%3D%20query%5B%3A200%5D%20%2B%20%22...%22%20if%20len(query)%20%3E%20200%20else%20query%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20RuntimeError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%9D%8C%20Unexpected%20error%20executing%20SPARQL%20query%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Error%20type%3A%20%7Btype(e).__name__%7D%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Error%20message%3A%20%7Bstr(e)%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Query%20snippet%3A%20%7Bquery_snippet%7D%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%92%A1%20This%20may%20be%20a%20bug.%20Please%20report%20this%20error.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%20from%20e%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wait_time%20%3D%20CONFIG%5B%22retry_backoff%22%5D%20*%20(2**attempt)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20time.sleep(wait_time)%0A%0A%20%20%20%20raise%20RuntimeError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Unexpected%20error%20in%20execute_sparql%3A%20max%20retries%20exceeded%20without%20raising%20exception%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0A%40lru_cache(maxsize%3D512)%0Adef%20extract_qid(url%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Extract%20QID%20from%20Wikidata%20entity%20URL.%20Cached%20for%20performance.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20url%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%20%20%20%20return%20url.replace(WIKIDATA_ENTITY_URL%2C%20%22%22)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20extract_qids_from_dataframe(df%3A%20pl.DataFrame%2C%20column%3A%20str)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Extract%20QIDs%20from%20a%20DataFrame%20column%20containing%20Wikidata%20URLs.%20DRY%20helper.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20column%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df%0A%0A%20%20%20%20return%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(column)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.str.replace(WIKIDATA_ENTITY_URL%2C%20%22%22%2C%20literal%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(f%22%7Bcolumn%7D_qid%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0A%40lru_cache(maxsize%3D1024)%0Adef%20create_structure_image_url(smiles%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20if%20not%20smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22https%3A%2F%2Fvia.placeholder.com%2F120x120%3Ftext%3DNo%2BSMILES%22%0A%20%20%20%20encoded_smiles%20%3D%20url_quote(smiles)%0A%20%20%20%20return%20f%22%7BCONFIG%5B'cdk_base'%5D%7D%3Fsmi%3D%7Bencoded_smiles%7D%26annotate%3Dcip%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_sparql_values_clause(%0A%20%20%20%20variable%3A%20str%2C%20values%3A%20list%2C%20use_wd_prefix%3A%20bool%20%3D%20True%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20a%20SPARQL%20VALUES%20clause%20for%20a%20list%20of%20values.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20use_wd_prefix%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20values_str%20%3D%20%22%20%22.join(f%22wd%3A%7Bv%7D%22%20for%20v%20in%20values)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20values_str%20%3D%20%22%20%22.join(f%22%3C%7Bv%7D%3E%22%20for%20v%20in%20values)%0A%0A%20%20%20%20return%20f%22VALUES%20%3F%7Bvariable%7D%20%7B%7B%20%7Bvalues_str%7D%20%7D%7D%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_taxon_details_query(qids%3A%20List%5Bstr%5D)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20values_clause%20%3D%20build_sparql_values_clause(%22taxon%22%2C%20qids)%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7BSPARQL_PREFIXES%7D%0A%0A%20%20%20%20SELECT%20%3Ftaxon%20%3FtaxonLabel%20%3FtaxonDescription%20%3Ftaxon_parent%20%3Ftaxon_parentLabel%20%0A%20%20%20%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%7Bvalues_clause%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%23%20Parent%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%20%3Ftaxon%20wdt%3AP171%20%3Ftaxon_parent%20%7D%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20labels%20(English%20preferred)%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20rdfs%3Alabel%20%3FtaxonLabel%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FtaxonLabel)%20%3D%20%22en%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20rdfs%3Alabel%20%3FtaxonLabel%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FtaxonLabel)%20%3D%20%22mul%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20descriptions%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20schema%3Adescription%20%3FtaxonDescription%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FtaxonDescription)%20%3D%20%22en%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%20schema%3Adescription%20%3FtaxonDescription%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3FtaxonDescription)%20%3D%20%22mul%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%23%20Parent%20labels%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon_parent%20rdfs%3Alabel%20%3Ftaxon_parentLabel%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3Ftaxon_parentLabel)%20%3D%20%22en%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon_parent%20rdfs%3Alabel%20%3Ftaxon_parentLabel%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FILTER(LANG(%3Ftaxon_parentLabel)%20%3D%20%22mul%22)%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_taxon_connectivity_query(qids%3A%20List%5Bstr%5D)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20query%20to%20count%20compound%20connections%20for%20each%20taxon.%22%22%22%0A%20%20%20%20values_clause%20%3D%20build_sparql_values_clause(%22taxon%22%2C%20qids)%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%7BSPARQL_PREFIXES%7D%0A%0A%20%20%20%20SELECT%20%3Ftaxon%20(COUNT(DISTINCT%20%3Fcompound)%20AS%20%3Fcompound_count)%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%7Bvalues_clause%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%23%20Count%20compounds%20directly%20linked%20to%20this%20taxon%20or%20its%20descendants%0A%20%20%20%20%20%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20%3Ftaxon%20%3Fcompound%20WHERE%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bvalues_clause%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fdescendant%20(wdt%3AP171*)%20%3Ftaxon%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fcompound%20wdt%3AP235%20%3Finchikey%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p%3AP703%2Fps%3AP703%20%3Fdescendant%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20GROUP%20BY%20%3Ftaxon%0A%20%20%20%20ORDER%20BY%20DESC(%3Fcompound_count)%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_taxon_warning_html(%0A%20%20%20%20matches%3A%20list%2C%20selected_qid%3A%20str%2C%20is_exact%3A%20bool%0A)%20-%3E%20mo.Html%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20an%20HTML%20warning%20with%20clickable%20QID%20links%20and%20taxon%20details.%22%22%22%0A%20%20%20%20match_type%20%3D%20%22exact%20matches%22%20if%20is_exact%20else%20%22similar%20taxa%22%0A%20%20%20%20intro%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Ambiguous%20taxon%20name.%20Multiple%20%7Bmatch_type%7D%20found%3A%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20is_exact%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20f%22No%20exact%20match.%20Similar%20taxa%20found%3A%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20HTML%20list%20of%20matches%0A%20%20%20%20items%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20match_data%20in%20matches%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20match_data%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20name%20%3D%20match_data%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20description%20%3D%20match_data%5B2%5D%20if%20len(match_data)%20%3E%202%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parent%20%3D%20match_data%5B3%5D%20if%20len(match_data)%20%3E%203%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20compound_count%20%3D%20match_data%5B4%5D%20if%20len(match_data)%20%3E%204%20else%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20clickable%20link%0A%20%20%20%20%20%20%20%20link%20%3D%20f'%3Ca%20href%3D%22%7BSCHOLIA_URL%7D%7Bqid%7D%22%20target%3D%22_blank%22%20rel%3D%22noopener%20noreferrer%22%20style%3D%22color%3A%20%7BCONFIG%5B%22color_hyperlink%22%5D%7D%3B%20text-decoration%3A%20none%3B%20border-bottom%3A%201px%20solid%20transparent%3B%20font-weight%3A%20bold%3B%22%3E%7Bqid%7D%3C%2Fa%3E'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20details%20string%0A%20%20%20%20%20%20%20%20details%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20name%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details.append(f%22%3Cem%3E%7Bname%7D%3C%2Fem%3E%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20description%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details.append(f%22%7Bdescription%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20parent%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details.append(f%22parent%3A%20%7Bparent%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20compound_count%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details.append(f%22%3Cstrong%3E%7Bcompound_count%3A%2C%7D%20compounds%3C%2Fstrong%3E%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20details_str%20%3D%20%22%20-%20%22.join(details)%20if%20details%20else%20%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Highlight%20the%20selected%20one%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20qid%20%3D%3D%20selected_qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20items.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%3Cli%3E%7Blink%7D%20%7Bdetails_str%7D%20%3Cstrong%3E%E2%86%90%20USING%20THIS%20ONE%20(most%20compounds)%3C%2Fstrong%3E%3C%2Fli%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20items.append(f%22%3Cli%3E%7Blink%7D%20%7Bdetails_str%7D%3C%2Fli%3E%22)%0A%0A%20%20%20%20items_html%20%3D%20%22%22.join(items)%0A%0A%20%20%20%20html%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Cdiv%20style%3D%22line-height%3A%201.6%3B%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bintro%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cul%20style%3D%22margin%3A%200.5em%200%3B%20padding-left%3A%201.5em%3B%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bitems_html%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ful%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cem%3EFor%20precision%2C%20please%20use%20a%20specific%20QID%20directly%20in%20the%20search%20box.%20When%20ambiguous%2C%20the%20taxon%20with%20the%20most%20compound%20links%20is%20automatically%20selected.%3C%2Fem%3E%0A%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20return%20mo.Html(html)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20resolve_taxon_to_qid(taxon_input%3A%20str)%20-%3E%20Tuple%5BOptional%5Bstr%5D%2C%20Optional%5Bmo.Html%5D%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Resolve%20taxon%20name%20or%20QID%20to%20a%20valid%20QID.%22%22%22%0A%20%20%20%20taxon_input%20%3D%20taxon_input.strip()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Handle%20wildcard%20for%20all%20taxa%0A%20%20%20%20if%20taxon_input%20%3D%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22*%22%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%23%20Early%20return%20if%20input%20is%20already%20a%20QID%0A%20%20%20%20if%20taxon_input.upper().startswith(%22Q%22)%20and%20taxon_input%5B1%3A%5D.isdigit()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20taxon_input.upper()%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%23%20Search%20for%20taxon%20by%20name%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_taxon_search_query(taxon_input)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20results%20%3D%20execute_sparql(query)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bindings%20%3D%20results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%22bindings%22%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Extract%20matches%20(list%20comprehension%20for%20speed)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20matches%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(extract_qid(b%5B%22taxon%22%5D%5B%22value%22%5D)%2C%20b%5B%22taxon_name%22%5D%5B%22value%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20bindings%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22taxon%22%20in%20b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%20%22taxon_name%22%20in%20b%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%20%22value%22%20in%20b%5B%22taxon%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%20%22value%22%20in%20b%5B%22taxon_name%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20matches%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Find%20exact%20matches%20(case-insensitive)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_lower%20%3D%20taxon_input.lower()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20exact_matches%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(qid%2C%20name)%20for%20qid%2C%20name%20in%20matches%20if%20name.lower()%20%3D%3D%20taxon_lower%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Single%20exact%20match%20-%20perfect%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(exact_matches)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20exact_matches%5B0%5D%5B0%5D%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Multiple%20exact%20matches%20or%20similar%20matches%20-%20need%20to%20fetch%20details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(exact_matches)%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20details%20for%20exact%20matches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qids%20%3D%20%5Bqid%20for%20qid%2C%20_%20in%20exact_matches%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Query%20connectivity%20to%20find%20the%20most%20connected%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_query%20%3D%20build_taxon_connectivity_query(qids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_results%20%3D%20execute_sparql(connectivity_query)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_bindings%20%3D%20connectivity_results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22bindings%22%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20connectivity%20map%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20connectivity_bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20extract_qid(get_binding_value(b%2C%20%22taxon%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20count%20%3D%20int(get_binding_value(b%2C%20%22compound_count%22%2C%20%220%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map%5Bqid%5D%20%3D%20count%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Sort%20exact%20matches%20by%20connectivity%20(descending)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sorted_matches%20%3D%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exact_matches%2C%20key%3Dlambda%20x%3A%20connectivity_map.get(x%5B0%5D%2C%200)%2C%20reverse%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20details%20for%20display%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_query%20%3D%20build_taxon_details_query(qids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_results%20%3D%20execute_sparql(details_query)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_bindings%20%3D%20details_results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%22bindings%22%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20a%20map%20of%20QID%20to%20details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20details_bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20extract_qid(get_binding_value(b%2C%20%22taxon%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map%5Bqid%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxonLabel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxonDescription%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxon_parentLabel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20matches%20with%20details%20including%20connectivity%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matches_with_details%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map.get(qid%2C%20(%22%22%2C%20%22%22%2C%20%22%22))%5B1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map.get(qid%2C%20(%22%22%2C%20%22%22%2C%20%22%22))%5B2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map.get(qid%2C%200)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20qid%2C%20name%20in%20sorted_matches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20the%20most%20connected%20taxon%20(first%20in%20sorted%20list)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selected_qid%20%3D%20sorted_matches%5B0%5D%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warning_html%20%3D%20create_taxon_warning_html(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matches_with_details%2C%20selected_qid%2C%20is_exact%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20selected_qid%2C%20warning_html%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20No%20exact%20match%20-%20use%20first%20result%20with%20warning%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(matches)%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20details%20for%20similar%20matches%20(limit%20to%205)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qids%20%3D%20%5Bqid%20for%20qid%2C%20_%20in%20matches%5B%3A5%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Query%20connectivity%20to%20find%20the%20most%20connected%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_query%20%3D%20build_taxon_connectivity_query(qids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_results%20%3D%20execute_sparql(connectivity_query)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_bindings%20%3D%20connectivity_results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22bindings%22%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20connectivity%20map%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20connectivity_bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20extract_qid(get_binding_value(b%2C%20%22taxon%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20count%20%3D%20int(get_binding_value(b%2C%20%22compound_count%22%2C%20%220%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map%5Bqid%5D%20%3D%20count%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Sort%20matches%20by%20connectivity%20(descending)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sorted_matches%20%3D%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matches%5B%3A5%5D%2C%20key%3Dlambda%20x%3A%20connectivity_map.get(x%5B0%5D%2C%200)%2C%20reverse%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20details%20for%20display%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_query%20%3D%20build_taxon_details_query(qids)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_results%20%3D%20execute_sparql(details_query)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_bindings%20%3D%20details_results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%22bindings%22%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20a%20map%20of%20QID%20to%20details%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20details_bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20extract_qid(get_binding_value(b%2C%20%22taxon%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map%5Bqid%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxonLabel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxonDescription%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20get_binding_value(b%2C%20%22taxon_parentLabel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20matches%20with%20details%20including%20connectivity%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matches_with_details%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map.get(qid%2C%20(%22%22%2C%20%22%22%2C%20%22%22))%5B1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20details_map.get(qid%2C%20(%22%22%2C%20%22%22%2C%20%22%22))%5B2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20connectivity_map.get(qid%2C%200)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20qid%2C%20name%20in%20sorted_matches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20the%20most%20connected%20taxon%20(first%20in%20sorted%20list)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selected_qid%20%3D%20sorted_matches%5B0%5D%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warning_html%20%3D%20create_taxon_warning_html(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matches_with_details%2C%20selected_qid%2C%20is_exact%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20selected_qid%2C%20warning_html%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20matches%5B0%5D%5B0%5D%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%2C%20None%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20get_binding_value(binding%3A%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%2C%20key%3A%20str%2C%20default%3A%20str%20%3D%20%22%22)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20return%20binding.get(key%2C%20%7B%7D).get(%22value%22%2C%20default)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_link(url%3A%20str%2C%20text%3A%20str%2C%20color%3A%20str%20%3D%20%22%233377c4%22)%20-%3E%20mo.Html%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20a%20styled%20hyperlink.%22%22%22%0A%20%20%20%20safe_text%20%3D%20text%20or%20url%20or%20%22%22%0A%20%20%20%20safe_url%20%3D%20url%20or%20%22%23%22%0A%20%20%20%20return%20mo.Html(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Ca%20href%3D%22%7Bsafe_url%7D%22%20target%3D%22_blank%22%20rel%3D%22noopener%20noreferrer%22%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'style%3D%22color%3A%20%7Bcolor%7D%3B%20text-decoration%3A%20none%3B%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'border-bottom%3A%201px%20solid%20transparent%3B%20transition%3A%20border-color%200.2s%3B%22%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22onmouseover%3D%5C%22this.style.borderColor%3D'%7Bcolor%7D'%5C%22%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22onmouseout%3D%5C%22this.style.borderColor%3D'transparent'%5C%22%3E%7Bsafe_text%7D%3C%2Fa%3E%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_wikidata_link(qid%3A%20str%2C%20color%3A%20str%20%3D%20%22%233377c4%22)%20-%3E%20mo.Html%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20a%20Wikidata%20link%20for%20a%20QID.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20create_link(f%22%7BSCHOLIA_URL%7D%7Bqid%7D%22%2C%20qid%2C%20color%3Dcolor)%20if%20qid%20else%20mo.Html(%22-%22)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20pluralize(singular%3A%20str%2C%20count%3A%20int)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Return%20singular%20or%20plural%20form%20based%20on%20count%20with%20special%20cases.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20singular%20if%20count%20%3D%3D%201%20else%20PLURAL_MAP.get(singular%2C%20f%22%7Bsingular%7Ds%22)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20serialize_element_range(element_range%3A%20ElementRange)%20-%3E%20Optional%5BDict%5Bstr%2C%20int%5D%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Convert%20ElementRange%20to%20dictionary%20for%20export%2C%20returns%20None%20if%20not%20active.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20element_range.is_active()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22min%22%3A%20element_range.min_val%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22max%22%3A%20element_range.max_val%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20serialize_formula_filters(%0A%20%20%20%20filters%3A%20Optional%5BFormulaFilters%5D%2C%0A)%20-%3E%20Optional%5BDict%5Bstr%2C%20Any%5D%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Convert%20FormulaFilters%20to%20dictionary%20for%20metadata%20export.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20filters%20or%20not%20filters.is_active()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%0A%20%20%20%20result%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Exact%20formula%0A%20%20%20%20if%20filters.exact_formula%20and%20filters.exact_formula.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result%5B%22exact_formula%22%5D%20%3D%20filters.exact_formula.strip()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Element%20ranges%0A%20%20%20%20element_attrs%20%3D%20%5Bfilters.c%2C%20filters.h%2C%20filters.n%2C%20filters.o%2C%20filters.p%2C%20filters.s%5D%0A%20%20%20%20for%20(_%2C%20element_name%2C%20_)%2C%20element_range%20in%20zip(ELEMENT_CONFIGS%2C%20element_attrs)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20range_dict%20%3D%20serialize_element_range(element_range)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20range_dict%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20result%5Belement_name%5D%20%3D%20range_dict%0A%0A%20%20%20%20%23%20Halogen%20states%0A%20%20%20%20halogen_attrs%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters.f_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters.cl_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters.br_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters.i_state%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20halogen_states%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20for%20(_%2C%20halogen_name)%2C%20state%20in%20zip(HALOGEN_CONFIGS%2C%20halogen_attrs)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20state%20!%3D%20%22allowed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20halogen_states%5Bhalogen_name%5D%20%3D%20state%0A%0A%20%20%20%20if%20halogen_states%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result%5B%22halogens%22%5D%20%3D%20halogen_states%0A%0A%20%20%20%20return%20result%20if%20result%20else%20None%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20normalize_element_value(val%3A%20int%2C%20default%3A%20int)%20-%3E%20Optional%5Bint%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Normalize%20element%20value%20by%20converting%20default%20values%20to%20None.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20None%20if%20val%20%3D%3D%20default%20else%20val%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_formula_filters(%0A%20%20%20%20exact_formula%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20c_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20c_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20h_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20h_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20n_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20n_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20o_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20o_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20p_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20p_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20s_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20s_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20f_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20cl_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20br_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20i_state%3A%20str%2C%0A)%20-%3E%20FormulaFilters%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Factory%20function%20to%20create%20FormulaFilters%20from%20UI%20values.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20FormulaFilters(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%3Dexact_formula.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20exact_formula%20and%20exact_formula.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(c_max%2C%20CONFIG%5B%22element_c_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20h%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(h_max%2C%20CONFIG%5B%22element_h_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(n_max%2C%20CONFIG%5B%22element_n_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20o%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(o_max%2C%20CONFIG%5B%22element_o_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(p_max%2C%20CONFIG%5B%22element_p_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s%3DElementRange(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20normalize_element_value(s_max%2C%20CONFIG%5B%22element_s_max%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%3Df_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%3Dcl_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%3Dbr_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%3Di_state%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_active_filters_dict(%0A%20%20%20%20mass_filter_active%3A%20bool%2C%0A%20%20%20%20mass_min_val%3A%20Optional%5Bfloat%5D%2C%0A%20%20%20%20mass_max_val%3A%20Optional%5Bfloat%5D%2C%0A%20%20%20%20year_filter_active%3A%20bool%2C%0A%20%20%20%20year_start_val%3A%20Optional%5Bint%5D%2C%0A%20%20%20%20year_end_val%3A%20Optional%5Bint%5D%2C%0A%20%20%20%20formula_filters%3A%20Optional%5BFormulaFilters%5D%2C%0A%20%20%20%20smiles%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%3A%20Optional%5Bfloat%5D%20%3D%20None%2C%0A)%20-%3E%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20a%20dictionary%20of%20active%20filters%20for%20metadata%20export.%22%22%22%0A%20%20%20%20filters%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Chemical%20structure%20(SMILES)%20search%0A%20%20%20%20if%20smiles%20and%20smiles.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters%5B%22chemical_structure%22%5D%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22smiles%22%3A%20smiles.strip()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22search_type%22%3A%20smiles_search_type%20or%20%22substructure%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20threshold%20only%20for%20similarity%20searches%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%20and%20smiles_threshold%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filters%5B%22chemical_structure%22%5D%5B%22similarity_threshold%22%5D%20%3D%20smiles_threshold%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mass%20filter%0A%20%20%20%20if%20mass_filter_active%20and%20(mass_min_val%20is%20not%20None%20or%20mass_max_val%20is%20not%20None)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters%5B%22mass%22%5D%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22min%22%3A%20mass_min_val%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22max%22%3A%20mass_max_val%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Year%20filter%0A%20%20%20%20if%20year_filter_active%20and%20(year_start_val%20is%20not%20None%20or%20year_end_val%20is%20not%20None)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters%5B%22publication_year%22%5D%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22start%22%3A%20year_start_val%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22end%22%3A%20year_end_val%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Formula%20filter%0A%20%20%20%20formula_dict%20%3D%20serialize_formula_filters(formula_filters)%0A%20%20%20%20if%20formula_dict%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters%5B%22molecular_formula%22%5D%20%3D%20formula_dict%0A%0A%20%20%20%20return%20filters%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20generate_filename(%0A%20%20%20%20taxon_name%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20file_type%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20prefix%3A%20str%20%3D%20%22lotus_data%22%2C%0A%20%20%20%20filters%3A%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%20%3D%20None%2C%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Generate%20standardized%2C%20descriptive%20filename%20for%20exports.%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Handle%20wildcard%20for%20all%20taxa%0A%20%20%20%20if%20taxon_name%20%3D%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20safe_name%20%3D%20%22all_taxa%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Replace%20spaces%20and%20special%20characters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20safe_name%20%3D%20taxon_name.replace(%22%20%22%2C%20%22_%22).replace(%22%2F%22%2C%20%22_%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20filename%20components%0A%20%20%20%20components%20%3D%20%5Bprefix%2C%20safe_name%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20SMILES%20search%20type%20if%20present%0A%20%20%20%20if%20filters%20and%20%22chemical_structure%22%20in%20filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20search_type%20%3D%20filters%5B%22chemical_structure%22%5D.get(%22search_type%22%2C%20%22substructure%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20components.append(search_type)%20%20%23%20Just%20the%20type%2C%20not%20%22smiles_type%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20general%20filter%20indicator%20if%20other%20filters%20are%20active%0A%20%20%20%20other_filters%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20k%3A%20v%20for%20k%2C%20v%20in%20(filters%20or%20%7B%7D).items()%20if%20k%20!%3D%20%22chemical_structure%22%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20if%20other_filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20components.append(%22filtered%22)%0A%0A%20%20%20%20date_str%20%3D%20datetime.now().strftime(%22%25Y%25m%25d%22)%0A%20%20%20%20filename_base%20%3D%20%22_%22.join(components)%0A%20%20%20%20return%20f%22%7Bdate_str%7D_%7Bfilename_base%7D.%7Bfile_type%7D%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_api_url(%0A%20%20%20%20taxon%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20smiles%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%3A%20float%2C%0A%20%20%20%20mass_filter%3A%20bool%2C%0A%20%20%20%20mass_min%3A%20float%2C%0A%20%20%20%20mass_max%3A%20float%2C%0A%20%20%20%20year_filter%3A%20bool%2C%0A%20%20%20%20year_start%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20year_end%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20formula_filter%3A%20bool%2C%0A%20%20%20%20exact_formula%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20c_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20c_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20h_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20h_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20n_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20n_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20o_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20o_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20p_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20p_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20s_min%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20s_max%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20f_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20cl_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20br_state%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20i_state%3A%20str%2C%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20a%20shareable%20API%20URL%20from%20current%20search%20parameters.%22%22%22%0A%20%20%20%20from%20urllib.parse%20import%20urlencode%0A%0A%20%20%20%20params%20%3D%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Taxon%20parameter%0A%20%20%20%20if%20taxon%20and%20taxon.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22taxon%22%5D%20%3D%20taxon.strip()%0A%0A%20%20%20%20%23%20SMILES%20parameters%0A%20%20%20%20if%20smiles%20and%20smiles.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22smiles%22%5D%20%3D%20smiles.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22smiles_search_type%22%5D%20%3D%20smiles_search_type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22smiles_threshold%22%5D%20%3D%20str(smiles_threshold)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mass%20filter%0A%20%20%20%20if%20mass_filter%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22mass_filter%22%5D%20%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20mass_min%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22mass_min%22%5D%20%3D%20str(mass_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20mass_max%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22mass_max%22%5D%20%3D%20str(mass_max)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Year%20filter%0A%20%20%20%20if%20year_filter%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22year_filter%22%5D%20%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20year_start%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22year_start%22%5D%20%3D%20str(year_start)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20year_end%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22year_end%22%5D%20%3D%20str(year_end)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Formula%20filter%0A%20%20%20%20if%20formula_filter%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22formula_filter%22%5D%20%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20exact_formula%20and%20exact_formula.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22exact_formula%22%5D%20%3D%20exact_formula.strip()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Element%20ranges%20(only%20add%20non-default%20values)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20c_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22c_min%22%5D%20%3D%20str(c_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20c_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_c_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22c_max%22%5D%20%3D%20str(c_max)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20h_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22h_min%22%5D%20%3D%20str(h_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20h_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_h_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22h_max%22%5D%20%3D%20str(h_max)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22n_min%22%5D%20%3D%20str(n_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_n_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22n_max%22%5D%20%3D%20str(n_max)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20o_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22o_min%22%5D%20%3D%20str(o_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20o_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_o_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22o_max%22%5D%20%3D%20str(o_max)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20p_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22p_min%22%5D%20%3D%20str(p_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20p_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_p_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22p_max%22%5D%20%3D%20str(p_max)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s_min%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22s_min%22%5D%20%3D%20str(s_min)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20s_max%20!%3D%20CONFIG%5B%22element_s_max%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22s_max%22%5D%20%3D%20str(s_max)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Halogen%20states%20(only%20add%20non-default)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20f_state%20!%3D%20%22allowed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22f_state%22%5D%20%3D%20f_state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cl_state%20!%3D%20%22allowed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22cl_state%22%5D%20%3D%20cl_state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20br_state%20!%3D%20%22allowed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22br_state%22%5D%20%3D%20br_state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20i_state%20!%3D%20%22allowed%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20params%5B%22i_state%22%5D%20%3D%20i_state%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20URL%0A%20%20%20%20if%20params%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_string%20%3D%20urlencode(params)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%3F%7Bquery_string%7D%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20compress_if_large(%0A%20%20%20%20data%3A%20str%2C%20filename%3A%20str%2C%20threshold_bytes%3A%20int%20%3D%20None%0A)%20-%3E%20tuple%5Bstr%2C%20str%2C%20str%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Compress%20data%20with%20gzip%20if%20it%20exceeds%20the%20threshold.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20threshold_bytes%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20threshold_bytes%20%3D%20CONFIG%5B%22download_embed_threshold_bytes%22%5D%0A%0A%20%20%20%20data_bytes%20%3D%20data.encode(%22utf-8%22)%0A%20%20%20%20data_size%20%3D%20len(data_bytes)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Compress%20if%20data%20exceeds%20threshold%0A%20%20%20%20if%20data_size%20%3E%20threshold_bytes%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20compressed_data%20%3D%20gzip.compress(data_bytes)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(compressed_data%2C%20f%22%7Bfilename%7D.gz%22%2C%20%22application%2Fgzip%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(data%2C%20filename%2C%20None)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_download_button(%0A%20%20%20%20data%3A%20str%2C%20filename%3A%20str%2C%20label%3A%20str%2C%20base_mimetype%3A%20str%0A)%20-%3E%20mo.download%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20a%20download%20button%20with%20automatic%20compression%20for%20large%20files.%22%22%22%0A%20%20%20%20compressed_data%2C%20final_filename%2C%20final_mimetype%20%3D%20compress_if_large(data%2C%20filename)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20compression%20indicator%20to%20label%0A%20%20%20%20display_label%20%3D%20label%20%2B%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%20(gzipped)%22%20if%20final_mimetype%20%3D%3D%20%22application%2Fgzip%22%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dcompressed_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3Dfinal_filename%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Ddisplay_label%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mimetype%3Dfinal_mimetype%20if%20final_mimetype%20else%20base_mimetype%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20apply_range_filter(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20column%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20min_val%3A%20Optional%5Bfloat%5D%2C%0A%20%20%20%20max_val%3A%20Optional%5Bfloat%5D%2C%0A%20%20%20%20extract_func%3DNone%2C%0A)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Generic%20range%20filter%20for%20DataFrame%20columns.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20(min_val%20is%20None%20and%20max_val%20is%20None)%20or%20column%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df%0A%0A%20%20%20%20col_expr%20%3D%20pl.col(column)%0A%20%20%20%20if%20extract_func%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20col_expr%20%3D%20extract_func(col_expr)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20filter%20condition%20based%20on%20which%20bounds%20are%20set%0A%20%20%20%20if%20min_val%20is%20not%20None%20and%20max_val%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Both%20bounds%20set%0A%20%20%20%20%20%20%20%20condition%20%3D%20(col_expr%20%3E%3D%20min_val)%20%26%20(col_expr%20%3C%3D%20max_val)%0A%20%20%20%20elif%20min_val%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Only%20minimum%20bound%20set%0A%20%20%20%20%20%20%20%20condition%20%3D%20col_expr%20%3E%3D%20min_val%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Only%20maximum%20bound%20set%0A%20%20%20%20%20%20%20%20condition%20%3D%20col_expr%20%3C%3D%20max_val%0A%0A%20%20%20%20return%20df.filter(pl.col(column).is_null()%20%7C%20condition)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20apply_year_filter(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%20year_start%3A%20Optional%5Bint%5D%2C%20year_end%3A%20Optional%5Bint%5D%0A)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Apply%20year%20range%20filter%20to%20publication%20dates.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20apply_range_filter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%2C%20%22pub_date%22%2C%20year_start%2C%20year_end%2C%20extract_func%3Dlambda%20col%3A%20col.dt.year()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20apply_mass_filter(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%20mass_min%3A%20Optional%5Bfloat%5D%2C%20mass_max%3A%20Optional%5Bfloat%5D%0A)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Apply%20mass%20range%20filter.%22%22%22%0A%20%20%20%20return%20apply_range_filter(df%2C%20%22mass%22%2C%20mass_min%2C%20mass_max)%0A%0A%0A%40app.function%0A%40lru_cache(maxsize%3D1024)%0Adef%20parse_molecular_formula(formula%3A%20str)%20-%3E%20tuple%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Parse%20molecular%20formula%20and%20extract%20atom%20counts.%20Returns%20tuple%20for%20caching.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20not%20formula%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Normalize%20formula%20by%20converting%20subscripts%20to%20regular%20numbers%0A%20%20%20%20normalized_formula%20%3D%20formula.translate(SUBSCRIPT_MAP)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Pattern%20to%20match%20element%20followed%20by%20optional%20number%0A%20%20%20%20matches%20%3D%20FORMULA_PATTERN.findall(normalized_formula)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Return%20tuple%20of%20(element%2C%20count)%20pairs%20for%20immutability%20and%20caching%0A%20%20%20%20return%20tuple(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(element%2C%20int(count)%20if%20count%20else%201)%20for%20element%2C%20count%20in%20matches%20if%20element%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20formula_matches_criteria(formula%3A%20str%2C%20filters%3A%20FormulaFilters)%20-%3E%20bool%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Check%20if%20a%20molecular%20formula%20matches%20the%20specified%20criteria.%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Early%20return%3A%20no%20formula%20means%20keep%20it%20(common%20case)%0A%20%20%20%20if%20not%20formula%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20True%0A%0A%20%20%20%20%23%20Normalize%20formula%20once%0A%20%20%20%20normalized_formula%20%3D%20formula.translate(SUBSCRIPT_MAP)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Early%20return%3A%20exact%20formula%20match%20(fast%20path)%0A%20%20%20%20if%20filters.exact_formula%20and%20filters.exact_formula.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20normalized_exact%20%3D%20filters.exact_formula.strip().translate(SUBSCRIPT_MAP)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20normalized_formula%20%3D%3D%20normalized_exact%0A%0A%20%20%20%20%23%20Parse%20formula%20(cached%20for%20performance)%0A%20%20%20%20atom_tuple%20%3D%20parse_molecular_formula(formula)%0A%20%20%20%20atoms%20%3D%20dict(atom_tuple)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Check%20element%20ranges%20with%20early%20termination%0A%20%20%20%20%23%20Note%3A%20Using%20tuple%20for%20iteration%20efficiency%0A%20%20%20%20elements_to_check%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22C%22%2C%20filters.c)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22H%22%2C%20filters.h)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22N%22%2C%20filters.n)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22O%22%2C%20filters.o)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22P%22%2C%20filters.p)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22S%22%2C%20filters.s)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20for%20element%2C%20elem_range%20in%20elements_to_check%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20elem_range.matches(atoms.get(element%2C%200))%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%20%20%23%20Early%20termination%0A%0A%20%20%20%20%23%20Check%20halogens%20with%20early%20termination%0A%20%20%20%20halogens%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22F%22%2C%20filters.f_state)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22Cl%22%2C%20filters.cl_state)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22Br%22%2C%20filters.br_state)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22I%22%2C%20filters.i_state)%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20for%20halogen%2C%20state%20in%20halogens%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20count%20%3D%20atoms.get(halogen%2C%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(state%20%3D%3D%20%22required%22%20and%20count%20%3D%3D%200)%20or%20(state%20%3D%3D%20%22excluded%22%20and%20count%20%3E%200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20False%20%20%23%20Early%20termination%0A%0A%20%20%20%20return%20True%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20apply_formula_filter(df%3A%20pl.DataFrame%2C%20filters%3A%20FormulaFilters)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Apply%20molecular%20formula%20filters%20to%20the%20dataframe.%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Early%20return%20for%20efficiency%0A%20%20%20%20if%20%22mf%22%20not%20in%20df.columns%20or%20not%20filters.is_active()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df%0A%0A%20%20%20%20%23%20List%20comprehension%20is%20more%20efficient%20than%20building%20list%20with%20append%0A%20%20%20%20mask%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20formula_matches_criteria(row.get(%22mf%22%2C%20%22%22)%2C%20filters)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20df.iter_rows(named%3DTrue)%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20return%20df.filter(pl.Series(mask))%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20query_wikidata(%0A%20%20%20%20qid%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20year_start%3A%20Optional%5Bint%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20year_end%3A%20Optional%5Bint%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20mass_min%3A%20Optional%5Bfloat%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20mass_max%3A%20Optional%5Bfloat%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20formula_filters%3A%20Optional%5BFormulaFilters%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20smiles%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20search_mode%3A%20str%20%3D%20%22taxon%22%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%3A%20str%20%3D%20%22substructure%22%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%3A%20float%20%3D%200.8%2C%0A)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20Query%20Wikidata%20for%20compounds%20associated%20to%20taxa%20using%20multiple%20search%20strategies.%0A%0A%20%20%20%20Supports%20three%20search%20modes%3A%0A%20%20%20%201.%20Taxon-only%3A%20Find%20all%20compounds%20in%20a%20taxonomic%20group%0A%20%20%20%202.%20SMILES-only%3A%20Find%20compounds%20by%20chemical%20structure%20(SACHEM)%0A%20%20%20%203.%20Combined%3A%20Find%20structures%20within%20a%20specific%20taxonomic%20group%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Input%20validation%0A%20%20%20%20if%20search_mode%20not%20in%20(%22taxon%22%2C%20%22smiles%22%2C%20%22combined%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20search_mode%3A%20'%7Bsearch_mode%7D'.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Must%20be%20one%20of%3A%20'taxon'%2C%20'smiles'%2C%20'combined'%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20if%20smiles_search_type%20not%20in%20(%22substructure%22%2C%20%22similarity%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20smiles_search_type%3A%20'%7Bsmiles_search_type%7D'.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Must%20be%20one%20of%3A%20'substructure'%2C%20'similarity'%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20if%20not%20(0.0%20%3C%3D%20smiles_threshold%20%3C%3D%201.0)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20smiles_threshold%3A%20%7Bsmiles_threshold%7D.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Must%20be%20between%200.0%20and%201.0%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20if%20year_start%20is%20not%20None%20and%20year_end%20is%20not%20None%20and%20year_start%20%3E%20year_end%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20year%20range%3A%20start%20(%7Byear_start%7D)%20%3E%20end%20(%7Byear_end%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Start%20year%20must%20be%20%3C%3D%20end%20year.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20if%20mass_min%20is%20not%20None%20and%20mass_max%20is%20not%20None%20and%20mass_min%20%3E%20mass_max%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Invalid%20mass%20range%3A%20min%20(%7Bmass_min%7D)%20%3E%20max%20(%7Bmass_max%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Minimum%20mass%20must%20be%20%3C%3D%20maximum%20mass.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20query%20based%20on%20search%20mode%0A%20%20%20%20if%20search_mode%20%3D%3D%20%22combined%22%20and%20smiles%20and%20qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Combined%20taxon%20%2B%20SMILES%20search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_smiles_taxon_query(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%2C%20qid%2C%20smiles_search_type%2C%20smiles_threshold%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20elif%20search_mode%20%3D%3D%20%22smiles%22%20and%20smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20SMILES-only%20search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_smiles_similarity_query(smiles%2C%20smiles_threshold)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%20%20%23%20Default%20to%20substructure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_smiles_substructure_query(smiles)%0A%20%20%20%20elif%20qid%20%3D%3D%20%22*%22%20or%20qid%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_all_compounds_query()%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query%20%3D%20build_compounds_query(qid)%0A%0A%20%20%20%20results%20%3D%20execute_sparql(query)%0A%20%20%20%20bindings%20%3D%20results.get(%22results%22%2C%20%7B%7D).get(%22bindings%22%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Early%20return%20for%20empty%20results%20(efficiency%20-%20no%20DataFrame%20creation)%0A%20%20%20%20if%20not%20bindings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pl.DataFrame()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Process%20results%20efficiently%20with%20list%20comprehension%20(single%20pass)%0A%20%20%20%20rows%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22compound%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22compoundLabel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22inchikey%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22compound_inchikey%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22smiles%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22compound_smiles_iso%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20get_binding_value(b%2C%20%22compound_smiles_conn%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_name%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22taxon_name%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22taxon%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ref_title%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22ref_title%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ref_doi%22%3A%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20doi.split(%22doi.org%2F%22)%5B-1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(doi%20%3A%3D%20get_binding_value(b%2C%20%22ref_doi%22))%20and%20doi.startswith(%22http%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20get_binding_value(b%2C%20%22ref_doi%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22ref_qid%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22pub_date%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22ref_date%22%2C%20None)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass%22%3A%20float(mass_raw)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(mass_raw%20%3A%3D%20get_binding_value(b%2C%20%22compound_mass%22%2C%20None))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mf%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22compound_formula%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22statement%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22statement%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22ref%22%3A%20get_binding_value(b%2C%20%22ref%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20b%20in%20bindings%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20DataFrame%20once%20(efficiency%20-%20avoid%20copies)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20pl.DataFrame(rows)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Lazy%20transformations%20(Polars%20optimizes%20internally)%0A%20%20%20%20if%20%22pub_date%22%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.when(pl.col(%22pub_date%22).is_not_null())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.then(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22pub_date%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.str.strptime(pl.Datetime%2C%20format%3D%22%25Y-%25m-%25dT%25H%3A%25M%3A%25SZ%22%2C%20strict%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.dt.date()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.otherwise(None)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(%22pub_date%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Chain%20filters%20for%20efficiency%20(Polars%20optimizes%20the%20execution%20plan)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20apply_year_filter(df%2C%20year_start%2C%20year_end)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20apply_mass_filter(df%2C%20mass_min%2C%20mass_max)%0A%0A%20%20%20%20if%20formula_filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20apply_formula_filter(df%2C%20formula_filters)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Final%20operations%3A%20deduplicate%20and%20sort%0A%20%20%20%20%23%20Note%3A%20unique()%20is%20efficient%20in%20Polars%2C%20keeps%20first%20occurrence%0A%20%20%20%20return%20df.unique(subset%3D%5B%22compound%22%2C%20%22taxon%22%2C%20%22reference%22%5D%2C%20keep%3D%22first%22).sort(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_display_row(row%3A%20Dict%5Bstr%2C%20str%5D)%20-%3E%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20a%20display%20row%20for%20the%20table%20with%20images%20and%20links.%22%22%22%0A%20%20%20%20img_url%20%3D%20create_structure_image_url(row%5B%22smiles%22%5D)%0A%20%20%20%20compound_qid%20%3D%20extract_qid(row%5B%22compound%22%5D)%0A%20%20%20%20taxon_qid%20%3D%20extract_qid(row%5B%22taxon%22%5D)%0A%20%20%20%20ref_qid%20%3D%20extract_qid(row%5B%22reference%22%5D)%0A%20%20%20%20doi%20%3D%20row%5B%22ref_doi%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20statement%20ID%20if%20available%20(for%20provenance%20transparency)%0A%20%20%20%20statement_uri%20%3D%20row.get(%22statement%22%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20statement_id%20%3D%20statement_uri.split(%22%2F%22)%5B-1%5D%20if%20statement_uri%20else%20%22%22%0A%0A%20%20%20%20result%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%222D%20Depiction%22%3A%20mo.image(src%3Dimg_url)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%22%3A%20row%5B%22name%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20SMILES%22%3A%20row%5B%22smiles%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20InChIKey%22%3A%20row%5B%22inchikey%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Taxon%22%3A%20row%5B%22taxon_name%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20title%22%3A%20row%5B%22ref_title%22%5D%20or%20%22-%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20DOI%22%3A%20create_link(f%22https%3A%2F%2Fdoi.org%2F%7Bdoi%7D%22%2C%20doi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20doi%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20mo.Html(%22-%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20compound_qid%2C%20color%3DCONFIG%5B%22color_wikidata_red%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Taxon%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_qid%2C%20color%3DCONFIG%5B%22color_wikidata_green%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ref_qid%2C%20color%3DCONFIG%5B%22color_wikidata_blue%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Statement%22%3A%20create_link(statement_uri%2C%20statement_id)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20statement_id%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%20mo.Html(%22-%22)%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20return%20result%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20prepare_export_dataframe(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20include_rdf_ref%3A%20bool%20%3D%20False%2C%0A)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20Prepare%20dataframe%20for%20export%20with%20cleaned%20QIDs%20and%20selected%20columns.%0A%0A%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20Input%20dataframe%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_rdf_ref%3A%20If%20True%2C%20include%20ref%20URI%20for%20RDF%20export.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Statement%20is%20always%20included%20(for%20display%20and%20RDF).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Ref%20is%20only%20for%20RDF%20export%20(not%20needed%20in%20CSV%2FJSON%2Fdisplay).%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Extract%20QIDs%20for%20all%20entity%20columns%0A%20%20%20%20df_with_qids%20%3D%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22compound%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.str.replace(WIKIDATA_ENTITY_URL%2C%20%22%22%2C%20literal%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(%22compound_qid%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22taxon%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.str.replace(WIKIDATA_ENTITY_URL%2C%20%22%22%2C%20literal%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(%22taxon_qid%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22reference%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.str.replace(WIKIDATA_ENTITY_URL%2C%20%22%22%2C%20literal%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(%22reference_qid%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Select%20and%20rename%20columns%20for%20export%0A%20%20%20%20select_cols%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22name%22).alias(%22compound_name%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22smiles%22).alias(%22compound_smiles%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22inchikey%22).alias(%22compound_inchikey%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22mass%22).alias(%22compound_mass%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22mf%22).alias(%22molecular_formula%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_name%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22ref_title%22).alias(%22reference_title%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22ref_doi%22).alias(%22reference_doi%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22pub_date%22).alias(%22reference_date%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Always%20include%20statement%20(for%20display%20table%20and%20RDF)%0A%20%20%20%20if%20%22statement%22%20in%20df_with_qids.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20select_cols.append(%22statement%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Only%20include%20ref%20for%20RDF%20export%20(not%20needed%20for%20CSV%2FJSON%2Fdisplay)%0A%20%20%20%20if%20include_rdf_ref%20and%20%22ref%22%20in%20df_with_qids.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20select_cols.append(%22ref%22)%0A%0A%20%20%20%20return%20df_with_qids.select(select_cols)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_export_metadata(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20qid%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20filters%3A%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%2C%0A%20%20%20%20query_hash%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20result_hash%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A)%20-%3E%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Create%20FAIR-compliant%20metadata%20for%20exported%20datasets.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20descriptive%20name%20and%20description%20based%20on%20search%20type%0A%20%20%20%20smiles_info%20%3D%20filters.get(%22chemical_structure%22%2C%20%7B%7D)%20if%20filters%20else%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20if%20smiles_info%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20search_type%20%3D%20smiles_info.get(%22search_type%22%2C%20%22substructure%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_str%20%3D%20smiles_info.get(%22smiles%22%2C%20%22%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Combined%20search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_name%20%3D%20f%22LOTUS%20Data%20-%20%7Bsearch_type.title()%7D%20search%20in%20%7Btaxon_input%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20description%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Chemical%20compounds%20matching%20%7Bsearch_type%7D%20search%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(SMILES%3A%20%7Bsmiles_str%7D)%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22within%20taxon%20%7Btaxon_input%7D%20(Wikidata%20QID%3A%20%7Bqid%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20SMILES-only%20search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_name%20%3D%20f%22LOTUS%20Data%20-%20Chemical%20%7Bsearch_type.title()%7D%20Search%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20description%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Chemical%20compounds%20matching%20%7Bsearch_type%7D%20search%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(SMILES%3A%20%7Bsmiles_str%7D).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20threshold%20%3D%20smiles_info.get(%22similarity_threshold%22%2C%200.8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20description%20%2B%3D%20f%22Tanimoto%20similarity%20threshold%3A%20%7Bthreshold%7D.%20%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon-only%20search%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_name%20%3D%20f%22LOTUS%20Data%20-%20%7Btaxon_input%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20description%20%3D%20f%22Chemical%20compounds%20from%20taxon%20%7Btaxon_input%7D%20%22%20%2B%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22(Wikidata%20QID%3A%20%7Bqid%7D).%20%22%20if%20qid%20else%20%22.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20description%20%2B%3D%20%22Retrieved%20via%20LOTUS%20Wikidata%20Explorer%20with%20chemical%20search%20capabilities%20(SACHEM%2FIDSM).%22%0A%0A%20%20%20%20metadata%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40context%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fschema.org%2F%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22Dataset%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20dataset_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22description%22%3A%20description%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22version%22%3A%20CONFIG%5B%22app_version%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22dateCreated%22%3A%20datetime.now().isoformat()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22license%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fcreativecommons.org%2Fpublicdomain%2Fzero%2F1.0%2F%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22creator%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22SoftwareApplication%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20CONFIG%5B%22app_name%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22version%22%3A%20CONFIG%5B%22app_version%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20CONFIG%5B%22app_url%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22license%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fwww.gnu.org%2Flicenses%2Fagpl-3.0.html%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22applicationCategory%22%3A%20%22Scientific%20Research%20Tool%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22operatingSystem%22%3A%20%22Platform%20Independent%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22softwareRequirements%22%3A%20%22Python%203.13%2B%2C%20Marimo%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22provider%22%3A%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22Organization%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20%22LOTUS%20Initiative%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20WIKIDATA_WIKI_URL%20%2B%20%22Q104225190%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22Organization%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20%22Wikidata%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20WIKIDATA_URL%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22Organization%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20%22IDSM%20(Integrated%20Database%20of%20Small%20Molecules)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22url%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fidsm.elixir-czech.cz%2F%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22citation%22%3A%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22ScholarlyArticle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20%22The%20LOTUS%20initiative%20for%20open%20knowledge%20management%20in%20natural%20products%20research%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22identifier%22%3A%20%22https%3A%2F%2Fdoi.org%2F10.7554%2FeLife.70780%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22distribution%22%3A%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22DataDownload%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22encodingFormat%22%3A%20%22text%2Fcsv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22contentUrl%22%3A%20%22data%3Atext%2Fcsv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22DataDownload%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22encodingFormat%22%3A%20%22application%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22contentUrl%22%3A%20%22data%3Aapplication%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%40type%22%3A%20%22DataDownload%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22encodingFormat%22%3A%20%22text%2Fturtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22contentUrl%22%3A%20%22data%3Atext%2Fturtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22numberOfRecords%22%3A%20len(df)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22variablesMeasured%22%3A%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_name%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_smiles%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_inchikey%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_mass%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22molecular_formula%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_name%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference_title%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference_doi%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference_date%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22compound_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22reference_qid%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22search_parameters%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon%22%3A%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_qid%22%3A%20qid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sparql_endpoint%22%3A%20CONFIG%5B%22sparql_endpoint%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22chemical_search_service%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22name%22%3A%20%22SACHEM%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22provider%22%3A%20%22IDSM%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22endpoint%22%3A%20CONFIG%5B%22idsm_endpoint%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22capabilities%22%3A%20%5B%22substructure_search%22%2C%20%22similarity_search%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20filters%20if%20any%20are%20active%0A%20%20%20%20if%20filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22search_parameters%22%5D%5B%22filters%22%5D%20%3D%20filters%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20provenance%20hashes%20for%20reproducibility%20and%20verification%0A%20%20%20%20if%20query_hash%20or%20result_hash%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22provenance%22%5D%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20query_hash%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22provenance%22%5D%5B%22query_hash%22%5D%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22algorithm%22%3A%20%22SHA-256%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22value%22%3A%20query_hash%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22description%22%3A%20%22Hash%20of%20search%20parameters%20(what%20was%20asked)%20-%20allows%20query%20reproduction%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20result_hash%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22provenance%22%5D%5B%22result_hash%22%5D%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22algorithm%22%3A%20%22SHA-256%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22value%22%3A%20result_hash%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22description%22%3A%20%22Hash%20of%20result%20compound%20identifiers%20(what%20was%20found)%20-%20content-addressable%20dataset%20identifier%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Dataset%20URI%20is%20based%20ONLY%20on%20result%20hash%20(content-addressable)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22provenance%22%5D%5B%22dataset_uri%22%5D%20%3D%20f%22urn%3Ahash%3Asha256%3A%7Bresult_hash%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%5B%22provenance%22%5D%5B%22dataset_uri_note%22%5D%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22This%20URI%20identifies%20the%20dataset%20by%20its%20content%20(results)%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22independent%20of%20how%20it%20was%20obtained%20(query).%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22The%20query_hash%20above%20documents%20how%20this%20dataset%20was%20generated.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20metadata%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_citation_text(taxon_input%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Generate%20citation%20text%20for%20the%20exported%20data.%22%22%22%0A%20%20%20%20current_date%20%3D%20datetime.now().strftime(%22%25B%20%25d%2C%20%25Y%22)%0A%20%20%20%20return%20f%22%22%22%0A%23%23%20%F0%9F%93%96%20How%20to%20Cite%20This%20Data%0A%0A%23%23%23%20Dataset%20Citation%0ALOTUS%20Initiative%20via%20Wikidata.%20(%7Bdatetime.now().year%7D).%20*Data%20for%20%7Btaxon_input%7D*.%20%20%0ARetrieved%20from%20LOTUS%20Wikidata%20Explorer%20on%20%7Bcurrent_date%7D.%20%20%0ALicense%3A%20%5BCC0%201.0%20Universal%5D(https%3A%2F%2Fcreativecommons.org%2Fpublicdomain%2Fzero%2F1.0%2F)%0A%0A%23%23%23%20LOTUS%20Initiative%20Publication%0ARutz%20A%2C%20Sorokina%20M%2C%20Galgonek%20J%2C%20et%20al.%20(2022).%20The%20LOTUS%20initiative%20for%20open%20knowledge%20%0Amanagement%20in%20natural%20products%20research.%20*eLife*%20**11**%3Ae70780.%20%20%0ADOI%3A%20%5B10.7554%2FeLife.70780%5D(https%3A%2F%2Fdoi.org%2F10.7554%2FeLife.70780)%0A%0A%23%23%23%20This%20Tool%0A%7BCONFIG%5B%22app_name%22%5D%7D%20v%7BCONFIG%5B%22app_version%22%5D%7D%20%20%0A%5BSource%20Code%5D(%7BCONFIG%5B%22app_url%22%5D%7D)%20(AGPL-3.0)%0A%0A%23%23%23%20Data%20Sources%0A-%20**LOTUS%20Initiative**%3A%20%5BQ104225190%5D(https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fwiki%2FQ104225190)%20-%20CC0%201.0%0A-%20**Wikidata**%3A%20%5Bwww.wikidata.org%5D(https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2F)%20-%20CC0%201.0%0A%22%22%22%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20create_dataset_uri(%0A%20%20%20%20qid%3A%20str%2C%20taxon_input%3A%20str%2C%20filters%3A%20Optional%5BDict%5Bstr%2C%20Any%5D%5D%2C%20df%3A%20pl.DataFrame%0A)%20-%3E%20Tuple%5BURIRef%2C%20str%2C%20str%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20Create%20dataset%20URI%20based%20on%20result%20content%20for%20reproducibility.%0A%0A%20%20%20%20NOTE%3A%20LOTUS%20data%20is%20hosted%20on%20Wikidata%20(https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fwiki%2FQ104225190).%0A%20%20%20%20There%20is%20no%20separate%20LOTUS%20namespace%20-%20data%20is%20stored%20as%20regular%20Wikidata%20entities.%0A%20%20%20%20This%20export%20creates%20a%20virtual%20dataset%20URI%20for%20the%20query%20result%20using%20a%0A%20%20%20%20content-addressable%20URN%20based%20ONLY%20on%20what%20was%20found%20(not%20what%20was%20asked).%0A%20%20%20%20The%20query%20hash%20is%20returned%20separately%20for%20metadata%20storage.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Query%20hash%20-%20based%20on%20search%20parameters%20(what%20was%20asked)%20-%20stored%20separately%20in%20metadata%0A%20%20%20%20query_components%20%3D%20%5Bqid%20or%20%22%22%2C%20taxon_input%20or%20%22%22%5D%0A%20%20%20%20if%20filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_components.append(json.dumps(filters%2C%20sort_keys%3DTrue))%0A%0A%20%20%20%20query_hash%20%3D%20hashlib.sha256(%22%7C%22.join(query_components).encode(%22utf-8%22)).hexdigest()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Result%20hash%20-%20based%20on%20actual%20compound%20identifiers%20(what%20was%20found)%0A%20%20%20%20compound_ids%20%3D%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20row.get(%22compound_qid%22%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20df.iter_rows(named%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20row.get(%22compound_qid%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20result_hash%20%3D%20hashlib.sha256(%22%7C%22.join(compound_ids).encode(%22utf-8%22)).hexdigest()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20a%20content-addressable%20URI%20using%20URN%20scheme%20with%20ONLY%20result%20hash%0A%20%20%20%20%23%20Format%3A%20urn%3Ahash%3Asha256%3ARESULT_HASH%0A%20%20%20%20%23%20This%20identifies%20the%20dataset%20by%20its%20content%2C%20not%20by%20how%20it%20was%20obtained%0A%20%20%20%20dataset_uri%20%3D%20URIRef(f%22urn%3Ahash%3Asha256%3A%7Bresult_hash%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20return%20dataset_uri%2C%20query_hash%2C%20result_hash%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20build_dataset_description(%0A%20%20%20%20taxon_input%3A%20str%2C%20filters%3A%20Optional%5BDict%5Bstr%2C%20Any%5D%5D%0A)%20-%3E%20Tuple%5Bstr%2C%20str%5D%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Build%20descriptive%20dataset%20name%20and%20description.%20Returns%20(name%2C%20description).%22%22%22%0A%20%20%20%20dataset_name%20%3D%20f%22LOTUS%20Data%20for%20%7Btaxon_input%7D%22%0A%20%20%20%20dataset_desc%20%3D%20f%22Chemical%20compounds%20found%20in%20taxon%20%7Btaxon_input%7D%20from%20Wikidata%22%0A%0A%20%20%20%20if%20filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_info%20%3D%20filters.get(%22chemical_structure%22%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_info%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20search_type%20%3D%20smiles_info.get(%22search_type%22%2C%20%22substructure%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_desc%20%2B%3D%20f%22%20using%20%7Bsearch_type%7D%20search%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20filters.get(%22mass%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass%20%3D%20filters%5B%22mass%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_desc%20%2B%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%2C%20mass%20filter%3A%20%7Bmass.get('min'%2C%20'N%2FA')%7D-%7Bmass.get('max'%2C%20'N%2FA')%7D%20Da%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20filters.get(%22molecular_formula%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_desc%20%2B%3D%20%22%2C%20molecular%20formula%20constraints%20applied%22%0A%0A%20%20%20%20return%20dataset_name%2C%20dataset_desc%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20add_dataset_metadata(%0A%20%20%20%20g%3A%20Graph%2C%0A%20%20%20%20dataset_uri%3A%20URIRef%2C%0A%20%20%20%20dataset_name%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20dataset_desc%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20qid%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20df_len%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20query_hash%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20result_hash%3A%20str%2C%0A)%20-%3E%20None%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Add%20core%20dataset%20metadata%20to%20RDF%20graph%20(mutates%20graph%20in-place).%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Dataset%20type%20and%20basic%20metadata%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20RDF.type%2C%20SCHEMA.Dataset))%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.name%2C%20Literal(dataset_name%2C%20datatype%3DXSD.string)))%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.description%2C%20Literal(dataset_desc%2C%20datatype%3DXSD.string)))%0A%0A%20%20%20%20%23%20License%20and%20provenance%20-%20CC0%20from%20Wikidata%2FLOTUS%0A%20%20%20%20g.add(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_uri%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20SCHEMA.license%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20URIRef(%22https%3A%2F%2Fcreativecommons.org%2Fpublicdomain%2Fzero%2F1.0%2F%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.provider%2C%20URIRef(CONFIG%5B%22app_url%22%5D)))%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20DCTERMS.source%2C%20URIRef(WIKIDATA_URL)))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Dataset%20statistics%20and%20versioning%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.numberOfRecords%2C%20Literal(df_len%2C%20datatype%3DXSD.integer)))%0A%20%20%20%20g.add(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_uri%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20SCHEMA.version%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Literal(CONFIG%5B%22app_version%22%5D%2C%20datatype%3DXSD.string)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Reference%20to%20LOTUS%20Initiative%20(Q104225190)%20as%20the%20source%20project%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.isBasedOn%2C%20URIRef(WIKIDATA_WIKI_URL%20%2B%20%22Q104225190%22)))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Link%20to%20the%20taxon%20being%20queried%20(if%20specific)%0A%20%20%20%20if%20qid%20and%20qid%20!%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.about%2C%20WD%5Bqid%5D))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20provenance%20hashes%20for%20reproducibility%0A%20%20%20%20%23%20Query%20hash%20stored%20as%20additional%20metadata%20(how%20dataset%20was%20generated)%0A%20%20%20%20g.add(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_uri%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DCTERMS.provenance%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Literal(f%22Generated%20by%20query%20with%20hash%3A%20%7Bquery_hash%7D%22%2C%20datatype%3DXSD.string)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%23%20Result%20hash%20is%20implicit%20in%20the%20dataset%20URI%20itself%20(urn%3Ahash%3Asha256%3ARESULT_HASH)%0A%20%20%20%20%23%20but%20we%20also%20add%20it%20explicitly%20for%20clarity%0A%20%20%20%20g.add(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_uri%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DCTERMS.identifier%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Literal(f%22sha256%3A%7Bresult_hash%7D%22%2C%20datatype%3DXSD.string)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20g%3A%20Graph%2C%20subject%3A%20URIRef%2C%20predicate%3A%20URIRef%2C%20value%3A%20Any%2C%20datatype%3DXSD.string%0A)%20-%3E%20None%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Add%20optional%20literal%20triple%20to%20graph%20if%20value%20exists%20(DRY%20helper).%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20value%20is%20not%20None%20and%20value%20!%3D%20%22%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((subject%2C%20predicate%2C%20Literal(value%2C%20datatype%3Ddatatype)))%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20add_compound_triples(%0A%20%20%20%20g%3A%20Graph%2C%0A%20%20%20%20row%3A%20Dict%5Bstr%2C%20Any%5D%2C%0A%20%20%20%20dataset_uri%3A%20URIRef%2C%0A%20%20%20%20processed_taxa%3A%20set%2C%0A%20%20%20%20processed_refs%3A%20set%2C%0A)%20-%3E%20None%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Add%20all%20triples%20for%20a%20single%20compound%20using%20Wikidata's%20full%20RDF%20structure.%22%22%22%0A%20%20%20%20compound_qid%20%3D%20row.get(%22compound_qid%22%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20if%20not%20compound_qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%0A%0A%20%20%20%20compound_uri%20%3D%20WD%5Bcompound_qid%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Link%20compound%20to%20dataset%0A%20%20%20%20g.add((dataset_uri%2C%20SCHEMA.hasPart%2C%20compound_uri))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Compound%20identifiers%20using%20Wikidata%20properties%20(direct%20properties)%0A%20%20%20%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20compound_uri%2C%20WDT.P235%2C%20row.get(%22compound_inchikey%22)%0A%20%20%20%20)%20%20%23%20InChIKey%0A%20%20%20%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20compound_uri%2C%20WDT.P233%2C%20row.get(%22compound_smiles%22)%0A%20%20%20%20)%20%20%23%20Canonical%20SMILES%0A%20%20%20%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20compound_uri%2C%20WDT.P274%2C%20row.get(%22molecular_formula%22)%0A%20%20%20%20)%20%20%23%20Molecular%20formula%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mass%20(P2067)%0A%20%20%20%20if%20row.get(%22compound_mass%22)%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20compound_uri%2C%20WDT.P2067%2C%20row%5B%22compound_mass%22%5D%2C%20XSD.float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Compound%20label%0A%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20compound_uri%2C%20RDFS.label%2C%20row.get(%22compound_name%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Taxonomic%20association%20using%20P703%20(found%20in%20taxon)%20with%20FULL%20STATEMENT%20STRUCTURE%0A%20%20%20%20%23%20This%20mirrors%20the%20SPARQL%20query%20pattern%3A%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%3Fcompound%20p%3AP703%20%3Fstatement.%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%3Fstatement%20ps%3AP703%20%3Ftaxon%3B%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prov%3AwasDerivedFrom%20%3Fref.%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%3Fref%20pr%3AP248%20%3Fref_qid.%0A%20%20%20%20taxon_qid%20%3D%20row.get(%22taxon_qid%22)%0A%20%20%20%20ref_qid%20%3D%20row.get(%22reference_qid%22)%0A%20%20%20%20statement_uri%20%3D%20row.get(%22statement%22)%0A%20%20%20%20ref_uri_str%20%3D%20row.get(%22ref%22)%0A%0A%20%20%20%20if%20taxon_qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_uri%20%3D%20WD%5Btaxon_qid%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20actual%20statement%20URI%20from%20Wikidata%20if%20available%2C%20otherwise%20use%20blank%20node%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20statement_uri%20and%20statement_uri.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20statement_node%20%3D%20URIRef(statement_uri)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20statement_node%20%3D%20BNode()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Full%20statement%20pattern%20(following%20Wikidata%20RDF%20structure)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((compound_uri%2C%20P.P703%2C%20statement_node))%20%20%23%20compound%20has%20a%20P703%20statement%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((statement_node%2C%20PS.P703%2C%20taxon_uri))%20%20%23%20statement%20value%20is%20the%20taxon%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20provenance%20if%20reference%20exists%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ref_qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ref_uri%20%3D%20WD%5Bref_qid%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20actual%20reference%20URI%20from%20Wikidata%20if%20available%2C%20otherwise%20use%20blank%20node%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ref_uri_str%20and%20ref_uri_str.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ref_node%20%3D%20URIRef(ref_uri_str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ref_node%20%3D%20BNode()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Link%20statement%20to%20reference%20via%20provenance%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((statement_node%2C%20PROV.wasDerivedFrom%2C%20ref_node))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Reference%20stated%20in%20(pr%3AP248)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((ref_node%2C%20PR.P248%2C%20ref_uri))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20reference%20metadata%20once%20per%20unique%20reference%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ref_qid%20not%20in%20processed_refs%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20P1476%3A%20title%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20ref_uri%2C%20WDT.P1476%2C%20row.get(%22reference_title%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20ref_uri%2C%20RDFS.label%2C%20row.get(%22reference_title%22))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20P356%3A%20DOI%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20row.get(%22reference_doi%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20ref_uri%2C%20WDT.P356%2C%20row.get(%22reference_doi%22))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20P577%3A%20publication%20date%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20row.get(%22reference_date%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20ref_uri%2C%20WDT.P577%2C%20str(row%5B%22reference_date%22%5D)%2C%20XSD.date%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20processed_refs.add(ref_qid)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Also%20add%20the%20simplified%20direct%20triple%20for%20convenience%20(wdt%3A%20namespace)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add((compound_uri%2C%20WDT.P703%2C%20taxon_uri))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20taxon%20metadata%20once%20per%20unique%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20taxon_qid%20not%20in%20processed_taxa%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20P225%3A%20taxon%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20taxon_uri%2C%20WDT.P225%2C%20row.get(%22taxon_name%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20add_optional_literal(g%2C%20taxon_uri%2C%20RDFS.label%2C%20row.get(%22taxon_name%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20processed_taxa.add(taxon_qid)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20export_to_rdf_turtle(%0A%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20qid%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20filters%3A%20Optional%5BDict%5Bstr%2C%20Any%5D%5D%20%3D%20None%2C%0A)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Export%20data%20to%20RDF%20Turtle%20format%20using%20Wikidata's%20full%20RDF%20structure.%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Initialize%20graph%0A%20%20%20%20g%20%3D%20Graph()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Bind%20namespaces%0A%20%20%20%20g.bind(%22wd%22%2C%20WD)%0A%20%20%20%20g.bind(%22wdref%22%2C%20WDREF)%0A%20%20%20%20g.bind(%22wds%22%2C%20WDS)%0A%20%20%20%20g.bind(%22wdt%22%2C%20WDT)%0A%20%20%20%20g.bind(%22p%22%2C%20P)%0A%20%20%20%20g.bind(%22ps%22%2C%20PS)%0A%20%20%20%20g.bind(%22pr%22%2C%20PR)%0A%20%20%20%20g.bind(%22prov%22%2C%20PROV)%0A%20%20%20%20g.bind(%22schema%22%2C%20SCHEMA)%0A%20%20%20%20g.bind(%22rdfs%22%2C%20RDFS)%0A%20%20%20%20g.bind(%22xsd%22%2C%20XSD)%0A%20%20%20%20g.bind(%22dcterms%22%2C%20DCTERMS)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20dataset%20URI%20with%20provenance%20hashes%0A%20%20%20%20dataset_uri%2C%20query_hash%2C%20result_hash%20%3D%20create_dataset_uri(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%20taxon_input%2C%20filters%2C%20df%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20dataset%20description%0A%20%20%20%20dataset_name%2C%20dataset_desc%20%3D%20build_dataset_description(taxon_input%2C%20filters)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20dataset%20metadata%0A%20%20%20%20add_dataset_metadata(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_uri%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataset_desc%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20len(df)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_hash%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result_hash%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Track%20unique%20entities%20to%20avoid%20redundant%20triples%20(efficiency)%0A%20%20%20%20processed_taxa%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20processed_refs%20%3D%20set()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Add%20compound%20data%0A%20%20%20%20for%20row%20in%20df.iter_rows(named%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20add_compound_triples(g%2C%20row%2C%20dataset_uri%2C%20processed_taxa%2C%20processed_refs)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Serialize%20to%20Turtle%20format%0A%20%20%20%20return%20g.serialize(format%3D%22turtle%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20%F0%9F%8C%90%20LOTUS%20Wikidata%20Explorer%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Work%20in%20progress**%20-%20May%20not%20work%20in%20all%20deployments.%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Recommended%3A**%20%60uvx%20marimo%20run%20https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FAdafede%2Fmarimo%2Frefs%2Fheads%2Fmain%2Fapps%2Flotus_wikidata_explorer.py%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22info%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20URL%20Query%20API%20section%20(left)%0A%20%20%20%20url_api_section%20%3D%20mo.accordion(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%94%97%20URL%20Query%20API%22%3A%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Query%20via%20URL%20parameters.%20Add%20to%20notebook%20URL%20to%20auto-execute%20searches.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Key%20Parameters%3A**%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60taxon%60%20-%20Name%2C%20QID%2C%20or%20%22*%22%20for%20all%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60smiles%60%20-%20Chemical%20structure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60smiles_search_type%60%20-%20%22substructure%22%20or%20%22similarity%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60smiles_threshold%60%20-%200.0-1.0%20(for%20similarity)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60mass_filter%3Dtrue%60%2C%20%60mass_min%60%2C%20%60mass_max%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60year_filter%3Dtrue%60%2C%20%60year_start%60%2C%20%60year_end%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20%60formula_filter%3Dtrue%60%2C%20%60exact_formula%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20Element%20ranges%3A%20%60c_min%60%2C%20%60c_max%60%2C%20%60h_min%60%2C%20%60h_max%60%2C%20etc.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20Halogen%20states%3A%20%60f_state%60%2C%20%60cl_state%60%2C%20%60br_state%60%2C%20%60i_state%60%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Examples%3A**%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%3DSalix%26smiles%3DCC(%3DO)Oc1ccccc1C(%3DO)O%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fsmiles%3Dc1ccccc1%26smiles_search_type%3Dsimilarity%26smiles_threshold%3D0.9%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ftaxon%3D*%26mass_filter%3Dtrue%26mass_min%3D300%26mass_max%3D500%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Help%20%26%20Documentation%20section%20(right)%0A%20%20%20%20help_section%20%3D%20mo.accordion(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%E2%9D%93%20Help%22%3A%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Quick%20Start%3A**%20Enter%20taxon%20(or%20%22*%22)%20%E2%86%92%20Add%20SMILES%20(optional)%20%E2%86%92%20Apply%20filters%20%E2%86%92%20Search%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Search%20Modes%3A**%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20**Taxon%20only**%3A%20All%20compounds%20in%20that%20group%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20**SMILES%20only**%3A%20Find%20structures%20everywhere%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20**Both**%3A%20Find%20structures%20in%20specific%20taxon%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Chemical%20Search**%20(SACHEM%2FIDSM)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20**Substructure**%3A%20Find%20compounds%20containing%20your%20structure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20**Similarity**%3A%20Find%20similar%20compounds%20(Tanimoto%200.0-1.0%2C%20default%200.8)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Filters%3A**%20Mass%20(Da)%2C%20Year%2C%20Formula%20(exact%20or%20element%20ranges%20%2B%20halogen%20control)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**Export%3A**%20CSV%2C%20JSON%2C%20RDF%2FTurtle.%20Auto-compress%20%3E8MB.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20side%20by%20side%0A%20%20%20%20mo.hstack(%5Burl_api_section%2C%20help_section%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20URL%20parameter%20detection%20and%20display%0A%20%20%20%20_url_params_check%20%3D%20mo.query_params()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20URL%20query%20info%20if%20parameters%20are%20present%0A%20%20%20%20if%20_url_params_check%20and%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon%22%20in%20_url_params_check%20or%20%22smiles%22%20in%20_url_params_check%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20param_items%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20List%20known%20parameters%20in%20logical%20order%0A%20%20%20%20%20%20%20%20known_params%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22smiles%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22smiles_search_type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22smiles_threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_filter%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22mass_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22year_filter%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22year_start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22year_end%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22formula_filter%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22exact_formula%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22c_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22c_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22h_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22h_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22n_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22n_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22o_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22o_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22p_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22p_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22s_min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22s_max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22f_state%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22cl_state%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22br_state%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22i_state%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Only%20show%20parameters%20that%20are%20actually%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20key%20in%20known_params%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20key%20in%20_url_params_check%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20_url_params_check.get(key)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20param_items.append(f%22-%20**%7Bkey%7D**%3A%20%60%7Bvalue%7D%60%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20param_items%3A%20%20%23%20Only%20show%20if%20we%20found%20any%20parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**URL%20Query%20Detected**%20-%20Auto-executing%20with%3A%20%7Bchr(10).join(param_items)%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22info%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20state_br_state%2C%0A%20%20%20%20state_c_max%2C%0A%20%20%20%20state_c_min%2C%0A%20%20%20%20state_cl_state%2C%0A%20%20%20%20state_exact_formula%2C%0A%20%20%20%20state_f_state%2C%0A%20%20%20%20state_formula_filter%2C%0A%20%20%20%20state_h_max%2C%0A%20%20%20%20state_h_min%2C%0A%20%20%20%20state_i_state%2C%0A%20%20%20%20state_mass_filter%2C%0A%20%20%20%20state_mass_max%2C%0A%20%20%20%20state_mass_min%2C%0A%20%20%20%20state_n_max%2C%0A%20%20%20%20state_n_min%2C%0A%20%20%20%20state_o_max%2C%0A%20%20%20%20state_o_min%2C%0A%20%20%20%20state_p_max%2C%0A%20%20%20%20state_p_min%2C%0A%20%20%20%20state_s_max%2C%0A%20%20%20%20state_s_min%2C%0A%20%20%20%20state_smiles%2C%0A%20%20%20%20state_smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20state_smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20state_taxon%2C%0A%20%20%20%20state_year_end%2C%0A%20%20%20%20state_year_filter%2C%0A%20%20%20%20state_year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%23%20TAXON%20INPUT%0A%20%20%20%20taxon_input%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_taxon%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%94%AC%20Taxon%20Name%20or%20Wikidata%20QID%20-%20Optional%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22e.g.%2C%20Artemisia%20annua%2C%20Cinchona%2C%20Q157115%2C%20or%20*%20for%20all%20taxa%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20SMILES%20INPUT%0A%20%20%20%20smiles_input%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_smiles%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%A7%AA%20Chemical%20Structure%20(SMILES)%20-%20Optional%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22e.g.%2C%20c1ccccc1%20(benzene)%2C%20CC(%3DO)Oc1ccccc1C(%3DO)O%20(aspirin)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20smiles_search_type%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22substructure%22%2C%20%22similarity%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%94%8D%20Chemical%20Search%20Type%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20smiles_threshold%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.05%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%8E%AF%20Similarity%20Threshold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20MASS%20FILTERS%0A%20%20%20%20mass_filter%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22%E2%9A%96%EF%B8%8F%20Filter%20by%20mass%22%2C%20value%3Dstate_mass_filter)%0A%0A%20%20%20%20mass_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_mass_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22mass_ui_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.001%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Min%20mass%20(Da)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mass_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_mass_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22mass_ui_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.001%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Max%20mass%20(Da)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20FORMULA%20FILTERS%0A%20%20%20%20formula_filter%20%3D%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%E2%9A%9B%EF%B8%8F%20Filter%20by%20molecular%20formula%22%2C%20value%3Dstate_formula_filter%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20exact_formula%20%3D%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_exact_formula%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Exact%20formula%20(e.g.%2C%20C15H10O5)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22Leave%20empty%20to%20use%20element%20ranges%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20c_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_c_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22C%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20c_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_c_max%20if%20state_c_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_c_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_c_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22C%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20h_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_h_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_h_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22H%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20h_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_h_max%20if%20state_h_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_h_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_h_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22H%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20n_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_n_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_n_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22N%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20n_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_n_max%20if%20state_n_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_n_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_n_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22N%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20o_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_o_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_o_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22O%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20o_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_o_max%20if%20state_o_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_o_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_o_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22O%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20p_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_p_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_p_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22P%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20p_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_p_max%20if%20state_p_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_p_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_p_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22P%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20s_min%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_s_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_s_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22S%20min%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20s_max%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_s_max%20if%20state_s_max%20is%20not%20None%20else%20CONFIG%5B%22element_s_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3DCONFIG%5B%22element_s_max%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22S%20max%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Halogen%20selectors%20(allowed%2Frequired%2Fexcluded)%0A%20%20%20%20halogen_options%20%3D%20%5B%22allowed%22%2C%20%22required%22%2C%20%22excluded%22%5D%0A%20%20%20%20f_state%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dhalogen_options%2C%20value%3Dstate_f_state%2C%20label%3D%22F%22%2C%20full_width%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20cl_state%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dhalogen_options%2C%20value%3Dstate_cl_state%2C%20label%3D%22Cl%22%2C%20full_width%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20br_state%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dhalogen_options%2C%20value%3Dstate_br_state%2C%20label%3D%22Br%22%2C%20full_width%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20i_state%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dhalogen_options%2C%20value%3Dstate_i_state%2C%20label%3D%22I%22%2C%20full_width%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20DATE%20FILTERS%0A%20%20%20%20current_year%20%3D%20datetime.now().year%0A%20%20%20%20year_filter%20%3D%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%97%93%EF%B8%8F%20Filter%20by%20publication%20year%22%2C%20value%3Dstate_year_filter%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20year_start%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_year_start%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3DCONFIG%5B%22year_range_start%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3Dcurrent_year%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Start%20year%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20year_end%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dstate_year_end%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3DCONFIG%5B%22year_range_start%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3Dcurrent_year%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22End%20year%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20run_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D%22%F0%9F%94%8D%20Search%20Wikidata%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20h_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mass_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mass_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mass_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20o_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20run_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_input%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20year_end%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20year_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20year_start%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20br_state%2C%0A%20%20%20%20c_max%2C%0A%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20cl_state%2C%0A%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20f_state%2C%0A%20%20%20%20formula_filter%2C%0A%20%20%20%20h_max%2C%0A%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20i_state%2C%0A%20%20%20%20mass_filter%2C%0A%20%20%20%20mass_max%2C%0A%20%20%20%20mass_min%2C%0A%20%20%20%20n_max%2C%0A%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20o_max%2C%0A%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20p_max%2C%0A%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20run_button%2C%0A%20%20%20%20s_max%2C%0A%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20smiles_input%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20year_end%2C%0A%20%20%20%20year_filter%2C%0A%20%20%20%20year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20structure%20search%20section%20(right%20column)%0A%20%20%20%20structure_fields%20%3D%20%5Bsmiles_input%2C%20smiles_search_type%5D%0A%20%20%20%20if%20smiles_search_type.value%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20structure_fields.append(smiles_threshold)%0A%0A%20%20%20%20structure_section%20%3D%20mo.vstack(structure_fields)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Main%20search%20parameters%3A%20taxon%20on%20left%2C%20structure%20on%20right%0A%20%20%20%20main_search%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Btaxon_input%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20structure_section%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20widths%3D%22equal%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Optional%20filter%20buttons%20arranged%20horizontally%0A%20%20%20%20filter_buttons%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmass_filter%2C%20year_filter%2C%20formula_filter%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Build%20filters%20UI%0A%20%20%20%20filters_ui%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20%F0%9F%94%8D%20Search%20Parameters%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20main_search%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Optional%20Filters%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filter_buttons%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mass%20filter%20fields%0A%20%20%20%20if%20mass_filter.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters_ui.append(mo.hstack(%5Bmass_min%2C%20mass_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Year%20filter%20fields%0A%20%20%20%20if%20year_filter.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters_ui.append(mo.hstack(%5Byear_start%2C%20year_end%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Formula%20filter%20fields%0A%20%20%20%20if%20formula_filter.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filters_ui.extend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22**Element%20count%20ranges**%20(leave%20blank%20for%20no%20constraint)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bc_min%2C%20c_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bh_min%2C%20h_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bn_min%2C%20n_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bo_min%2C%20o_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bp_min%2C%20p_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bs_min%2C%20s_max%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22**Halogen%20constraints**%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bf_state%2C%20cl_state%2C%20br_state%2C%20i_state%5D%2C%20gap%3D2%2C%20widths%3D%22equal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20filters_ui.append(run_button)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(filters_ui)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20br_state%2C%0A%20%20%20%20c_max%2C%0A%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20cl_state%2C%0A%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20f_state%2C%0A%20%20%20%20formula_filter%2C%0A%20%20%20%20h_max%2C%0A%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20i_state%2C%0A%20%20%20%20mass_filter%2C%0A%20%20%20%20mass_max%2C%0A%20%20%20%20mass_min%2C%0A%20%20%20%20n_max%2C%0A%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20o_max%2C%0A%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20p_max%2C%0A%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20run_button%2C%0A%20%20%20%20s_max%2C%0A%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20smiles_input%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20state_auto_run%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20year_end%2C%0A%20%20%20%20year_filter%2C%0A%20%20%20%20year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Auto-run%20if%20URL%20parameters%20were%20detected%2C%20or%20if%20run%20button%20was%20clicked%0A%20%20%20%20if%20not%20run_button.value%20and%20not%20state_auto_run%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20results_df%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_warning%20%3D%20None%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start_time%20%3D%20time.time()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20input%20values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_str%20%3D%20smiles_input.value.strip()%20if%20smiles_input.value%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_input_str%20%3D%20taxon_input.value.strip()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Determine%20search%20mode%20based%20on%20inputs%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%201.%20Both%20present%3A%20use%20both%20(SMILES%20search%20filtered%20by%20taxon)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%202.%20SMILES%20only%20(taxon%20is%20empty%20or%20%22*%22)%3A%20use%20SMILES%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%203.%20Taxon%20only%20(SMILES%20empty)%3A%20use%20taxon%20only%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20use_smiles%20%3D%20bool(smiles_str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20use_taxon%20%3D%20bool(taxon_input_str%20and%20taxon_input_str%20!%3D%20%22*%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20use_smiles%20and%20use_taxon%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Both%20present%20-%20search%20by%20structure%20within%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spinner_message%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%F0%9F%94%8E%20Searching%20for%20SMILES%20'%7Bsmiles_str%5B%3A30%5D%7D...'%20in%20%7Btaxon_input_str%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20use_smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20SMILES%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spinner_message%20%3D%20f%22%F0%9F%94%8E%20Searching%20for%20SMILES%3A%20%7Bsmiles_str%5B%3A50%5D%7D...%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_warning%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20taxon_input_str%20%3D%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spinner_message%20%3D%20%22%F0%9F%94%8E%20Searching%20all%20taxa%20...%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spinner_message%20%3D%20f%22%F0%9F%94%8E%20Searching%20for%3A%20%7Btaxon_input_str%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(title%3Dspinner_message)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Resolve%20taxon%20if%20using%20taxon%20(either%20alone%20or%20with%20SMILES)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20use_taxon%20or%20(not%20use_smiles%20and%20taxon_input_str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_input_str%20%3D%20taxon_input.value.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%20taxon_warning%20%3D%20resolve_taxon_to_qid(taxon_input_str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20qid%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Taxon%20not%20found**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Could%20not%20find%20'%7Btaxon_input_str%7D'%20in%20Wikidata.%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Suggestions%3A**%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Check%20spelling%20(scientific%20names%20are%20case-sensitive)%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Try%20a%20different%20taxonomic%20level%20(e.g.%2C%20genus%20instead%20of%20species)%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Use%20a%20Wikidata%20QID%20directly%20(e.g.%2C%20Q157115)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22warn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_start%20%3D%20year_start.value%20if%20year_filter.value%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_end%20%3D%20year_end.value%20if%20year_filter.value%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20m_min%20%3D%20mass_min.value%20if%20mass_filter.value%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20m_max%20%3D%20mass_max.value%20if%20mass_filter.value%20else%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20formula%20filters%20using%20factory%20function%20(DRY)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filt%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20formula_filter.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filt%20%3D%20create_formula_filters(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%3Dexact_formula.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_min%3Dc_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_max%3Dc_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_min%3Dh_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_max%3Dh_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_min%3Dn_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_max%3Dn_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_min%3Do_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_max%3Do_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_min%3Dp_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_max%3Dp_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_min%3Ds_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_max%3Ds_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%3Df_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%3Dcl_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%3Dbr_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%3Di_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Execute%20query%20based%20on%20what%20inputs%20are%20provided%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20use_smiles%20and%20use_taxon%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Both%20SMILES%20and%20taxon%20-%20search%20for%20structure%20within%20taxon%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20results_df%20%3D%20query_wikidata(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%3Dqid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_min%3Dm_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_max%3Dm_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filters%3Dformula_filt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%3Dsmiles_str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20search_mode%3D%22combined%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_search_type%3Dsmiles_search_type.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_threshold%3Dsmiles_threshold.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20use_smiles%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20SMILES%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20results_df%20%3D%20query_wikidata(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%3D%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_min%3Dm_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_max%3Dm_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filters%3Dformula_filt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%3Dsmiles_str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20search_mode%3D%22smiles%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_search_type%3Dsmiles_search_type.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_threshold%3Dsmiles_threshold.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20results_df%20%3D%20query_wikidata(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qid%2C%20y_start%2C%20y_end%2C%20m_min%2C%20m_max%2C%20formula_filt%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20True%2C%20mo.callout(mo.md(f%22**Query%20Error%3A**%20%7Bstr(e)%7D%22)%2C%20kind%3D%22danger%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elapsed%20%3D%20round(time.time()%20-%20start_time%2C%202)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%E2%8F%B1%EF%B8%8F%20Query%20completed%20in%20**%7Belapsed%7Ds**.%22)%0A%20%20%20%20return%20qid%2C%20results_df%2C%20taxon_warning%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20br_state%2C%0A%20%20%20%20c_max%2C%0A%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20cl_state%2C%0A%20%20%20%20download_ui%2C%0A%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20f_state%2C%0A%20%20%20%20formula_filter%2C%0A%20%20%20%20h_max%2C%0A%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20i_state%2C%0A%20%20%20%20mass_filter%2C%0A%20%20%20%20mass_max%2C%0A%20%20%20%20mass_min%2C%0A%20%20%20%20n_max%2C%0A%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20o_max%2C%0A%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20p_max%2C%0A%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20qid%2C%0A%20%20%20%20query_hash%2C%0A%20%20%20%20result_hash%2C%0A%20%20%20%20results_df%2C%0A%20%20%20%20run_button%2C%0A%20%20%20%20s_max%2C%0A%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20smiles_input%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20state_auto_run%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20taxon_warning%2C%0A%20%20%20%20year_end%2C%0A%20%20%20%20year_filter%2C%0A%20%20%20%20year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20summary%20if%20either%20button%20was%20clicked%20or%20auto-run%20from%20URL%0A%20%20%20%20if%20(not%20run_button.value%20and%20not%20state_auto_run)%20or%20results_df%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_and_downloads%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%20%20%20%20elif%20len(results_df)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Show%20no%20compounds%20message%2C%20and%20taxon%20warning%20if%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parts%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20taxon_warning%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parts.append(mo.callout(taxon_warning%2C%20kind%3D%22warn%22))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Handle%20wildcard%20case%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20qid%20%3D%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parts.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22No%20natural%20products%20found%20for%20**all%20taxa**%20with%20the%20current%20filters.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22warn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parts.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22No%20natural%20products%20found%20for%20**%7Btaxon_input.value%7D**%20(%7Bcreate_wikidata_link(qid)%7D)%20with%20the%20current%20filters.%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22warn%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_and_downloads%20%3D%20mo.vstack(parts)%20if%20len(parts)%20%3E%201%20else%20parts%5B0%5D%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_compounds%20%3D%20results_df.n_unique(subset%3D%5B%22compound%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_taxa%20%3D%20results_df.n_unique(subset%3D%5B%22taxon%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_refs%20%3D%20results_df.n_unique(subset%3D%5B%22reference%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_entries%20%3D%20len(results_df)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Results%20header%20(on%20its%20own%20line)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20results_header%20%3D%20mo.md(%22%23%23%20Results%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20info%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20qid%20%3D%3D%20%22*%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_info%20%3D%20%22All%20taxa%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_info%20%3D%20f%22%7Btaxon_input.value%7D%20%7Bcreate_wikidata_link(qid)%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20SMILES%20search%20info%20if%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_input.value%20and%20smiles_input.value.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_smiles_str%20%3D%20smiles_input.value.strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20search_type%20%3D%20smiles_search_type.value%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20search_type%20%3D%3D%20%22similarity%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20threshold_val%20%3D%20smiles_threshold.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_info%20%3D%20f%22SMILES%3A%20%60%7B_smiles_str%7D%60%20(%7Bsearch_type%7D%2C%20threshold%3A%20%7Bthreshold_val%7D)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_info%20%3D%20f%22SMILES%3A%20%60%7B_smiles_str%7D...%60%20(%7Bsearch_type%7D)%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20combined_info%20%3D%20f%22%7Btaxon_info%7D%20%E2%80%A2%20%7Bsmiles_info%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20combined_info%20%3D%20taxon_info%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Search%20info%0A%20%20%20%20%20%20%20%20search_info_display%20%3D%20mo.md(f%22**%7Bcombined_info%7D**%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Provenance%20hash%0A%20%20%20%20%20%20%20%20hash_info%20%3D%20mo.md(f%22*Hashes%3A*%20Query%3A%20%60%7Bquery_hash%7D%60%20%E2%80%A2%20Results%3A%20%60%7Bresult_hash%7D%60%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Stats%20cards%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stats_cards%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Df%22%7Bn_compounds%3A%2C%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%F0%9F%A7%AA%20%7Bpluralize('Compound'%2C%20n_compounds)%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bordered%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Df%22%7Bn_taxa%3A%2C%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%F0%9F%8C%B1%20%7Bpluralize('Taxon'%2C%20n_taxa)%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bordered%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Df%22%7Bn_refs%3A%2C%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%F0%9F%93%9A%20%7Bpluralize('Reference'%2C%20n_refs)%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bordered%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stat(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Df%22%7Bn_entries%3A%2C%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%F0%9F%93%9D%20%7Bpluralize('Entry'%2C%20n_entries)%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bordered%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20wrap%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20search_and_stats%20%3D%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Bsearch_info_display%2C%20hash_info%5D%2C%20gap%3D0.5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stats_cards%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22space-between%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20API%20URL%20for%20sharing%0A%20%20%20%20%20%20%20%20api_url%20%3D%20build_api_url(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon%3Dtaxon_input.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%3Dsmiles_input.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_search_type%3Dsmiles_search_type.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_threshold%3Dsmiles_threshold.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_filter%3Dmass_filter.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_min%3Dmass_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_max%3Dmass_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_filter%3Dyear_filter.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_start%3Dyear_start.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_end%3Dyear_end.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filter%3Dformula_filter.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%3Dexact_formula.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_min%3Dc_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_max%3Dc_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_min%3Dh_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_max%3Dh_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_min%3Dn_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_max%3Dn_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_min%3Do_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_max%3Do_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_min%3Dp_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_max%3Dp_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_min%3Ds_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_max%3Ds_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%3Df_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%3Dcl_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%3Dbr_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%3Di_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Display%20shareable%20URL%20if%20parameters%20exist%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20api_url%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20url_display%20%3D%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%F0%9F%94%97%20Shareable%20URL**%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Copy%20and%20append%20this%20to%20your%20notebook%20URL%20to%20share%20this%20exact%20search%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bapi_url%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20api_url_section%20%3D%20mo.accordion(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22%F0%9F%94%81%20Share%20this%20search%22%3A%20url_display%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20api_url_section%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20summary%20section%20with%20all%20parts%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_parts%20%3D%20%5Bresults_header%2C%20search_and_stats%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20api_url%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20summary_parts.append(api_url_section)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20taxon_warning%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20summary_parts.append(mo.callout(taxon_warning%2C%20kind%3D%22warn%22))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Stack%20summary%20and%20downloads%20vertically%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_and_downloads%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.vstack(summary_parts)%2C%20download_ui%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20summary_and_downloads%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20br_state%2C%0A%20%20%20%20c_max%2C%0A%20%20%20%20c_min%2C%0A%20%20%20%20cl_state%2C%0A%20%20%20%20exact_formula%2C%0A%20%20%20%20f_state%2C%0A%20%20%20%20formula_filter%2C%0A%20%20%20%20h_max%2C%0A%20%20%20%20h_min%2C%0A%20%20%20%20i_state%2C%0A%20%20%20%20mass_filter%2C%0A%20%20%20%20mass_max%2C%0A%20%20%20%20mass_min%2C%0A%20%20%20%20n_max%2C%0A%20%20%20%20n_min%2C%0A%20%20%20%20o_max%2C%0A%20%20%20%20o_min%2C%0A%20%20%20%20p_max%2C%0A%20%20%20%20p_min%2C%0A%20%20%20%20qid%2C%0A%20%20%20%20results_df%2C%0A%20%20%20%20run_button%2C%0A%20%20%20%20s_max%2C%0A%20%20%20%20s_min%2C%0A%20%20%20%20smiles_input%2C%0A%20%20%20%20smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20state_auto_run%2C%0A%20%20%20%20taxon_input%2C%0A%20%20%20%20year_end%2C%0A%20%20%20%20year_filter%2C%0A%20%20%20%20year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Replace%20previous%20generation%20logic%3A%20build%20UI%20but%20DO%20NOT%20display%20inline%0A%20%20%20%20if%20(not%20run_button.value%20and%20not%20state_auto_run)%20or%20results_df%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20download_ui%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tables_ui%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_is_large_dataset%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%20%3D%20taxon_input.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20active_filters%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_hash%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result_hash%20%3D%20None%0A%20%20%20%20elif%20len(results_df)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20download_ui%20%3D%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22No%20compounds%20match%20your%20search%20criteria.%22)%2C%20kind%3D%22neutral%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tables_ui%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_is_large_dataset%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%20%3D%20taxon_input.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20active_filters%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_hash%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result_hash%20%3D%20None%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20filters%20for%20metadata%20(needed%20for%20hash%20computation)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_formula_filt%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20formula_filter.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_formula_filt%20%3D%20create_formula_filters(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20exact_formula%3Dexact_formula.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_min%3Dc_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c_max%3Dc_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_min%3Dh_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20h_max%3Dh_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_min%3Dn_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_max%3Dn_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_min%3Do_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20o_max%3Do_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_min%3Dp_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p_max%3Dp_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_min%3Ds_min.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s_max%3Ds_max.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f_state%3Df_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cl_state%3Dcl_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20br_state%3Dbr_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20i_state%3Di_state.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20active_filters%20%3D%20build_active_filters_dict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_filter_active%3Dmass_filter.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_min_val%3Dmass_min.value%20if%20mass_filter.value%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mass_max_val%3Dmass_max.value%20if%20mass_filter.value%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_filter_active%3Dyear_filter.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_start_val%3Dyear_start.value%20if%20year_filter.value%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20year_end_val%3Dyear_end.value%20if%20year_filter.value%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20formula_filters%3D_formula_filt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles%3Dsmiles_input.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_search_type%3Dsmiles_search_type.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_threshold%3Dsmiles_threshold.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Compute%20hashes%20for%20provenance%20(before%20preparing%20export%20dataframes)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Query%20hash%20-%20based%20on%20search%20parameters%20(what%20was%20asked)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_components%20%3D%20%5Bqid%20or%20%22%22%2C%20taxon_input.value%20or%20%22%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20active_filters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20query_components.append(json.dumps(active_filters%2C%20sort_keys%3DTrue))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_hash%20%3D%20hashlib.sha256(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%22.join(query_components).encode(%22utf-8%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).hexdigest()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Result%20hash%20-%20based%20on%20actual%20compound%20identifiers%20(what%20was%20found)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Extract%20QIDs%20first%20for%20hash%20computation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20compound_qids%20%3D%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20extract_qid(row%5B%22compound%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20results_df.iter_rows(named%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20row.get(%22compound%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result_hash%20%3D%20hashlib.sha256(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%7C%22.join(compound_qids).encode(%22utf-8%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).hexdigest()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Prepare%20export%20dataframes%20(excludes%20ref%20for%20CSV%2FJSON%2C%20includes%20it%20for%20RDF)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20export_df%20%3D%20prepare_export_dataframe(results_df%2C%20include_rdf_ref%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20For%20RDF%2C%20we%20need%20the%20ref%20column%20too%0A%20%20%20%20%20%20%20%20export_df_rdf%20%3D%20prepare_export_dataframe(results_df%2C%20include_rdf_ref%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%20%3D%20taxon_input.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_is_large_dataset%20%3D%20len(export_df)%20%3E%20CONFIG%5B%22lazy_generation_threshold%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20metadata%20using%20already-built%20active_filters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metadata%20%3D%20create_export_metadata(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_df%2C%20taxon_input.value%2C%20qid%2C%20active_filters%2C%20query_hash%2C%20result_hash%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metadata_json%20%3D%20json.dumps(metadata%2C%20indent%3D2)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20citation_text%20%3D%20create_citation_text(taxon_input.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Display%20table%20data%20(apply%20row%20limit%20%26%20depiction%20logic)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20total_rows%20%3D%20len(results_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20total_rows%20%3E%20CONFIG%5B%22table_row_limit%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20limited_df%20%3D%20results_df.head(CONFIG%5B%22table_row_limit%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_data%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%22%3A%20row%5B%22name%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20SMILES%22%3A%20row%5B%22smiles%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20InChIKey%22%3A%20row%5B%22inchikey%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Taxon%22%3A%20row%5B%22taxon_name%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20title%22%3A%20row%5B%22ref_title%22%5D%20or%20%22-%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20DOI%22%3A%20create_link(f%22https%3A%2F%2Fdoi.org%2F%7Bdoi%7D%22%2C%20doi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(doi%20%3A%3D%20row%5B%22ref_doi%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20mo.Html(%22-%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Compound%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(extract_qid(row%5B%22compound%22%5D))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Taxon%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(extract_qid(row%5B%22taxon%22%5D))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Reference%20QID%22%3A%20create_wikidata_link(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20extract_qid(row%5B%22reference%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Statement%22%3A%20create_link(stmt_uri%2C%20stmt_uri.split(%22%2F%22)%5B-1%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(stmt_uri%20%3A%3D%20row.get(%22statement%22%2C%20%22%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20mo.Html(%22-%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20limited_df.iter_rows(named%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_note%20%3D%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%9A%A1%20**Large%20Dataset%20Optimization**%5Cn%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Your%20search%20returned%20**%7Btotal_rows%3A%2C%7D%20rows**.%20For%20optimal%20performance%3A%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Displaying%20first%20**%7BCONFIG%5B'table_row_limit'%5D%3A%2C%7D%20rows**%20in%20table%20view%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%202D%20structure%20images%20hidden%20(available%20in%20full%20download)%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22-%20Use%20the%20Export%20View%20tab%20to%20see%20all%20data%20without%20images%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22info%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_data%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20create_display_row(row)%20for%20row%20in%20results_df.iter_rows(named%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_note%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20display_table%20%3D%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%3DCONFIG%5B%22page_size_default%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20export_table%20%3D%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_df.to_dicts()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%3DCONFIG%5B%22page_size_export%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Immediate%20or%20lazy%20downloads%0A%20%20%20%20%20%20%20%20buttons%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ui_is_large_dataset%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D%22%F0%9F%93%84%20Generate%20CSV%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D%22%F0%9F%93%96%20Generate%20JSON%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generate_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%3D%22%F0%9F%90%A2%20Generate%20RDF%2FTurtle%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20buttons.extend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bcsv_generate_button%2C%20json_generate_button%2C%20rdf_generate_button%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22export_df%22%3A%20export_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22active_filters%22%3A%20active_filters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22export_df%22%3A%20export_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22active_filters%22%3A%20active_filters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22export_df%22%3A%20export_df_rdf%2C%20%20%23%20Use%20RDF%20version%20with%20statement%2Fref%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22taxon_input%22%3A%20taxon_input.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22qid%22%3A%20qid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22active_filters%22%3A%20active_filters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generate_button%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Generate%20downloads%20using%20DRY%20helper%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20buttons.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20create_download_button(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_df.write_csv()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20generate_filename(taxon_input.value%2C%20%22csv%22%2C%20filters%3Dactive_filters)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%93%A5%20CSV%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22text%2Fcsv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20buttons.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20create_download_button(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_df.write_json()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20generate_filename(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_input.value%2C%20%22json%22%2C%20filters%3Dactive_filters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%93%A5%20JSON%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22application%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20buttons.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20create_download_button(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_to_rdf_turtle(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20export_df_rdf%2C%20taxon_input.value%2C%20qid%2C%20active_filters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20generate_filename(taxon_input.value%2C%20%22ttl%22%2C%20filters%3Dactive_filters)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%93%A5%20RDF%2FTurtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22text%2Fturtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Metadata%20download%0A%20%20%20%20%20%20%20%20buttons.append(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dmetadata_json%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3Dgenerate_filename(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_input.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22json%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prefix%3D%22lotus_metadata%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filters%3Dactive_filters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%93%8B%20Metadata%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mimetype%3D%22application%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20download_ui%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.md(%22%23%23%23%20Download%20Data%22)%2C%20mo.hstack(buttons%2C%20gap%3D2%2C%20wrap%3DTrue)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tables_ui%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Browse%20Data%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20display_note%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.tabs(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%96%BC%EF%B8%8F%20Display%22%3A%20display_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%93%A5%20Export%20View%22%3A%20export_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%93%96%20Citation%22%3A%20mo.md(citation_text)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%8F%B7%EF%B8%8F%20Metadata%22%3A%20mo.md(f%22%60%60%60json%5Cn%7Bmetadata_json%7D%5Cn%60%60%60%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20download_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20query_hash%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result_hash%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tables_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_is_large_dataset%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20csv_generate_button%2C%0A%20%20%20%20csv_generation_data%2C%0A%20%20%20%20json_generate_button%2C%0A%20%20%20%20json_generation_data%2C%0A%20%20%20%20rdf_generate_button%2C%0A%20%20%20%20rdf_generation_data%2C%0A%20%20%20%20taxon_name%2C%0A%20%20%20%20ui_is_large_dataset%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Handle%20lazy%20generation%20of%20downloads%20for%20large%20datasets.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20def%20create_lazy_download_ui(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20format_name%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20format_ext%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data_generator_fn%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20base_mimetype%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Generic%20lazy%20download%20UI%20generator.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20not%20ui_is_large_dataset%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20generate_button%20is%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20not%20generate_button.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.Html(%22%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(title%3Df%22Generating%20%7Bformat_name%7D%20format...%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_data%20%3D%20data_generator_fn(generation_data)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20compressed_data%2C%20final_filename%2C%20final_mimetype%20%3D%20compress_if_large(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20generate_filename(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%2C%20format_ext%2C%20filters%3Dgeneration_data%5B%22active_filters%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%9C%85%20**%7Bformat_name%7D%20Ready**%20-%20%7Blen(generation_data%5B'export_df'%5D)%3A%2C%7D%20entries%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%20(compressed)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20final_mimetype%20%3D%3D%20%22application%2Fgzip%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22success%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Dcompressed_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3Dfinal_filename%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%F0%9F%93%A5%20Download%20%7Bformat_name%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mimetype%3Dfinal_mimetype%20if%20final_mimetype%20else%20base_mimetype%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20CSV%20generation%0A%20%20%20%20csv_download_ui%20%3D%20create_lazy_download_ui(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20csv_generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22CSV%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22csv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20d%3A%20d%5B%22export_df%22%5D.write_csv()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22text%2Fcsv%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20JSON%20generation%0A%20%20%20%20json_download_ui%20%3D%20create_lazy_download_ui(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json_generation_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22JSON%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22json%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20d%3A%20d%5B%22export_df%22%5D.write_json()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22application%2Fjson%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20RDF%20generation%20(needs%20extra%20params)%0A%20%20%20%20if%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_is_large_dataset%0A%20%20%20%20%20%20%20%20and%20rdf_generate_button%20is%20not%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20and%20rdf_generate_button.value%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(title%3D%22%F0%9F%90%A2%20Generating%20RDF%2FTurtle%20format...%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rdf_raw%20%3D%20export_to_rdf_turtle(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%5B%22export_df%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%5B%22taxon_input%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%5B%22qid%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_generation_data%5B%22active_filters%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rdf_data%2C%20_rdf_filename%2C%20_rdf_mimetype%20%3D%20compress_if_large(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rdf_raw%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20generate_filename(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20taxon_name%2C%20%22ttl%22%2C%20filters%3Drdf_generation_data%5B%22active_filters%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_download_ui%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%E2%9C%85%20**RDF%2FTurtle%20Ready**%20-%20%7Blen(rdf_generation_data%5B'export_df'%5D)%3A%2C%7D%20entries%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%20(compressed)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_rdf_mimetype%20%3D%3D%20%22application%2Fgzip%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22success%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3D_rdf_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3D_rdf_filename%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22%F0%9F%93%A5%20Download%20RDF%2FTurtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mimetype%3D_rdf_mimetype%20if%20_rdf_mimetype%20else%20%22text%2Fturtle%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdf_download_ui%20%3D%20mo.Html(%22%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Show%20all%20generated%20downloads%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bcsv_download_ui%2C%20json_download_ui%2C%20rdf_download_ui%5D%2C%20gap%3D2)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(tables_ui)%3A%0A%20%20%20%20tables_ui%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20URL%20parameter%20detection%0A%20%20%20%20url_params%20%3D%20mo.query_params()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Detect%20if%20we%20should%20auto-execute%20search%0A%20%20%20%20url_auto_search%20%3D%20%22taxon%22%20in%20url_params%20or%20%22smiles%22%20in%20url_params%0A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20URL%20parameter%20values%20with%20defaults%0A%20%20%20%20url_taxon%20%3D%20url_params.get(%22taxon%22%2C%20%22Gentiana%20lutea%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20SMILES%20search%20parameters%0A%20%20%20%20url_smiles%20%3D%20url_params.get(%22smiles%22%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20url_smiles_search_type%20%3D%20url_params.get(%22smiles_search_type%22%2C%20%22substructure%22)%0A%20%20%20%20url_smiles_threshold%20%3D%20float(url_params.get(%22smiles_threshold%22%2C%20%220.8%22))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Mass%20filter%0A%20%20%20%20url_mass_filter%20%3D%20url_params.get(%22mass_filter%22)%20%3D%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20url_mass_min%20%3D%20float(url_params.get(%22mass_min%22%2C%20CONFIG%5B%22mass_default_min%22%5D))%0A%20%20%20%20url_mass_max%20%3D%20float(url_params.get(%22mass_max%22%2C%20CONFIG%5B%22mass_default_max%22%5D))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Year%20filter%0A%20%20%20%20url_year_filter%20%3D%20url_params.get(%22year_filter%22)%20%3D%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20url_year_start%20%3D%20int(url_params.get(%22year_start%22%2C%20CONFIG%5B%22year_default_start%22%5D))%0A%20%20%20%20url_year_end%20%3D%20int(url_params.get(%22year_end%22%2C%20datetime.now().year))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Formula%20filter%0A%20%20%20%20url_formula_filter%20%3D%20url_params.get(%22formula_filter%22)%20%3D%3D%20%22true%22%0A%20%20%20%20url_exact_formula%20%3D%20url_params.get(%22exact_formula%22%2C%20%22%22)%0A%20%20%20%20url_c_min%20%3D%20int(url_params%5B%22c_min%22%5D)%20if%20%22c_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_c_max%20%3D%20int(url_params.get(%22c_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_c_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_h_min%20%3D%20int(url_params%5B%22h_min%22%5D)%20if%20%22h_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_h_max%20%3D%20int(url_params.get(%22h_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_h_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_n_min%20%3D%20int(url_params%5B%22n_min%22%5D)%20if%20%22n_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_n_max%20%3D%20int(url_params.get(%22n_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_n_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_o_min%20%3D%20int(url_params%5B%22o_min%22%5D)%20if%20%22o_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_o_max%20%3D%20int(url_params.get(%22o_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_o_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_p_min%20%3D%20int(url_params%5B%22p_min%22%5D)%20if%20%22p_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_p_max%20%3D%20int(url_params.get(%22p_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_p_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_s_min%20%3D%20int(url_params%5B%22s_min%22%5D)%20if%20%22s_min%22%20in%20url_params%20else%20None%0A%20%20%20%20url_s_max%20%3D%20int(url_params.get(%22s_max%22%2C%20CONFIG%5B%22element_s_max%22%5D))%0A%20%20%20%20url_f_state%20%3D%20url_params.get(%22f_state%22%2C%20%22allowed%22)%0A%20%20%20%20url_cl_state%20%3D%20url_params.get(%22cl_state%22%2C%20%22allowed%22)%0A%20%20%20%20url_br_state%20%3D%20url_params.get(%22br_state%22%2C%20%22allowed%22)%0A%20%20%20%20url_i_state%20%3D%20url_params.get(%22i_state%22%2C%20%22allowed%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_auto_search%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_br_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_c_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_cl_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_exact_formula%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_f_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_formula_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_h_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_h_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_i_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_mass_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_mass_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_mass_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_n_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_n_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_o_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_o_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_p_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_p_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_s_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_s_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_smiles%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_taxon%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_year_end%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_year_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20url_year_start%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20url_auto_search%2C%0A%20%20%20%20url_br_state%2C%0A%20%20%20%20url_c_max%2C%0A%20%20%20%20url_c_min%2C%0A%20%20%20%20url_cl_state%2C%0A%20%20%20%20url_exact_formula%2C%0A%20%20%20%20url_f_state%2C%0A%20%20%20%20url_formula_filter%2C%0A%20%20%20%20url_h_max%2C%0A%20%20%20%20url_h_min%2C%0A%20%20%20%20url_i_state%2C%0A%20%20%20%20url_mass_filter%2C%0A%20%20%20%20url_mass_max%2C%0A%20%20%20%20url_mass_min%2C%0A%20%20%20%20url_n_max%2C%0A%20%20%20%20url_n_min%2C%0A%20%20%20%20url_o_max%2C%0A%20%20%20%20url_o_min%2C%0A%20%20%20%20url_p_max%2C%0A%20%20%20%20url_p_min%2C%0A%20%20%20%20url_s_max%2C%0A%20%20%20%20url_s_min%2C%0A%20%20%20%20url_smiles%2C%0A%20%20%20%20url_smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20url_smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20url_taxon%2C%0A%20%20%20%20url_year_end%2C%0A%20%20%20%20url_year_filter%2C%0A%20%20%20%20url_year_start%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20state%20variables%20that%20will%20be%20used%20to%20populate%20the%20UI%0A%20%20%20%20%23%20These%20are%20only%20set%20when%20URL%20parameters%20are%20present%0A%20%20%20%20if%20url_auto_search%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Taxon%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_taxon%20%3D%20url_taxon%20or%20%22Gentiana%20lutea%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20SMILES%20search%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles%20%3D%20url_smiles%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_search_type%20%3D%20url_smiles_search_type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_threshold%20%3D%20url_smiles_threshold%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Mass%20filter%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_filter%20%3D%20url_mass_filter%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_min%20%3D%20url_mass_min%20if%20url_mass_filter%20else%20CONFIG%5B%22mass_default_min%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_max%20%3D%20url_mass_max%20if%20url_mass_filter%20else%20CONFIG%5B%22mass_default_max%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Year%20filter%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_filter%20%3D%20url_year_filter%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_start%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20url_year_start%20if%20url_year_filter%20else%20CONFIG%5B%22year_default_start%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_end%20%3D%20url_year_end%20if%20url_year_filter%20else%20datetime.now().year%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Formula%20filter%20state%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_formula_filter%20%3D%20url_formula_filter%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_exact_formula%20%3D%20url_exact_formula%20if%20url_formula_filter%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_min%20%3D%20url_c_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_max%20%3D%20url_c_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_min%20%3D%20url_h_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_max%20%3D%20url_h_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_min%20%3D%20url_n_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_max%20%3D%20url_n_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_min%20%3D%20url_o_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_max%20%3D%20url_o_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_min%20%3D%20url_p_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_max%20%3D%20url_p_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_min%20%3D%20url_s_min%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_max%20%3D%20url_s_max%20if%20url_formula_filter%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_f_state%20%3D%20url_f_state%20if%20url_formula_filter%20else%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_cl_state%20%3D%20url_cl_state%20if%20url_formula_filter%20else%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_br_state%20%3D%20url_br_state%20if%20url_formula_filter%20else%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_i_state%20%3D%20url_i_state%20if%20url_formula_filter%20else%20%22allowed%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_auto_run%20%3D%20True%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22**Auto-executing%20search%20for%3A**%20%7Burl_taxon%20if%20url_taxon%20else%20url_smiles%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Default%20states%20when%20no%20URL%20parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_taxon%20%3D%20%22Gentiana%20lutea%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_search_type%20%3D%20%22substructure%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_threshold%20%3D%200.8%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_filter%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_min%20%3D%20CONFIG%5B%22mass_default_min%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_max%20%3D%20CONFIG%5B%22mass_default_max%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_filter%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_start%20%3D%20CONFIG%5B%22year_default_start%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_end%20%3D%20datetime.now().year%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_formula_filter%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_exact_formula%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_min%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_f_state%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_cl_state%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_br_state%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_i_state%20%3D%20%22allowed%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_auto_run%20%3D%20False%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_auto_run%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_br_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_cl_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_exact_formula%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_f_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_formula_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_h_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_i_state%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_mass_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_n_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_o_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_p_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_s_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_search_type%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_smiles_threshold%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_taxon%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_end%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_filter%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20state_year_start%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%20%20%20%20**Data%3A**%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2Fwiki%2FQ104225190%22%20style%3D%22color%3A%23990000%3B%22%3ELOTUS%20Initiative%3C%2Fa%3E%20%26%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fwww.wikidata.org%2F%22%20style%3D%22color%3A%23990000%3B%22%3EWikidata%3C%2Fa%3E%20%20%7C%0A%20%20%20%20**Code%3A**%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fcdk%2Fdepict%22%20style%3D%22color%3A%23339966%3B%22%3ECDK%20Depict%3C%2Fa%3E%20%26%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fgithub.com%2FAdafede%2Fmarimo%2Fblob%2Fmain%2Fapps%2Flotus_wikidata_explorer.py%22%20style%3D%22color%3A%23339966%3B%22%3Elotus_wikidata_explorer.py%3C%2Fa%3E%20%20%7C%0A%20%20%20%20**License%3A**%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fcreativecommons.org%2Fpublicdomain%2Fzero%2F1.0%2F%22%20style%3D%22color%3A%23006699%3B%22%3ECC0%201.0%3C%2Fa%3E%20for%20data%20%26%20%3Ca%20href%3D%22https%3A%2F%2Fwww.gnu.org%2Flicenses%2Fagpl-3.0.html%22%20style%3D%22color%3A%23006699%3B%22%3EAGPL-3.0%3C%2Fa%3E%20for%20code%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A